Kết quả kiểm toán cho thấy 30/31 TĐ, TCT, công ty nhà nước được kiểm toán kinh doanh có lãi, bảo toàn và phát triển được vốn, đóng góp lớn cho ngân sách nhà nước. DNNN (trừ một số tập đoàn, tổng công ty làm ăn thua lỗ) vẫn là nơi tiền lương, thu nhập và quyền lợi của người lao động, phúc lợi xã hội được ổn định, bảo đảm, nhất là trong giai đoạn khủng hoảng. Tuy nhiên, Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra những điểm chưa được về hoạt động của các TĐ, TCT nhà nước.
Phần lớn các TĐ, TCT và công ty nhà nước còn sai sót trong việc hạch toán kế toán, kê khai nghĩa vụ với ngân sách nhà nước (NSNN) nên qua kiểm toán phải điều chỉnh tăng, giảm tài sản, nguồn vốn, doanh thu, chi phí; kiến nghị tăng thu NSNN 10.896 tỷ đồng.
Hoạt động sản xuất kinh doanh của nhiều doanh nghiệp trực thuộc TĐ, TCT không hiệu quả, thua lỗ lớn, mất vốn chủ sở hữu, phải giải thể; nhiều khoản đầu tư, góp vốn của các TĐ, TCT không đúng quy định, thua lỗ, trong đó hoạt động đầu tư ra nước ngoài của PVN không hiệu quả, tiềm ẩn rủi ro mất vốn, thua lỗ cao, chuyển vốn đầu tư ra nước ngoài vượt hạn mức quy định trong giấy chứng nhận đầu tư.
Hoạt động quản lý tài chính, công nợ, tài sản cố định, hàng tồn kho và chi phí giá thành còn nhiều hạn chế, chưa chặt chẽ làm phát sinh nợ khó đòi lớn; hàng hóa ứ đọng, chậm luân chuyển, đầu tư tài sản cố định không hiệu quả, hệ số nợ phải trả cao… cá biệt trong giai đoạn năm 2010-2015, Ban Quản lý Dự án công trình Liên hợp Lọc hóa dầu Nghi Sơn đã gửi tiền tại 02 ngân hàng nhưng tiền lãi nhận được để ngoài hệ thống sổ sách kế toán, có dấu hiệu vi phạm pháp luật 22,1 tỷ đồng.
Diện tích, số lượng cơ sở đất mà các TĐ, TCT và DNNN được giao rất lớn song chưa được doanh nghiệp và các cơ quan nhà nước có thẩm quyền quản lý chặt chẽ; nhiều diện tích đất chưa sử dụng, hoặc sử dụng không hiệu quả, sử dụng không đúng mục đích; chưa thực hiện đầy đủ nghĩa vụ tài chính với NSNN; tính tiền sử dụng đất phải nộp của dự án bất động sản chưa đúng quy định.
Công tác quản lý hoạt động đầu tư xây dựng tại một số doanh nghiệp còn thiếu chặt chẽ từ khâu lập quy hoạch tổng thể, phê duyệt dự án, phê duyệt thiết kế cơ sở đến việc huy động vốn, bố trí vốn chậm, chưa phù hợp tiến độ thực hiện; sử dụng vốn không đúng mục tiêu; lựa chọn nhà thầu, ký kết hợp đồng, điều chỉnh hợp đồng không đúng quy định; một số dự án phải dừng, giãn tiến độ.
Nhiều dự án nghiệm thu, thanh toán, quyết toán còn sai sót về khối lượng, đơn giá và chưa đầy đủ thủ tục, KTNN kiến nghị thu hồi, giảm thanh toán 210 tỷ đồng; xử lý tài chính khác 5.681 tỷ đồng… Đặc biệt, một số dự án của PVN đang gặp khó khăn trong việc huy động vốn, có nguy cơ không đảm bảo cơ cấu vốn được phê duyệt hoặc tiềm ẩn rủi ro phát sinh chi phí, giảm hiệu quả đầu tư.
Tiến độ cổ phần hóa, thoái vốn nhà nước năm 2017 còn chậm, không đúng kế hoạch được duyệt, chậm thoái vốn ra khỏil ĩnh vực bất động sản, ngân hàng theo quy định, trong đó các TCT, DNNN của thành phố Hồ Chí Minh đều đang tạm dừng công tác cổ phần hóa, thoái vốn; SCIC mới thực hiện bán vốn được 41/114 doanh nghiệp, không đạt kế hoạch đề ra; một số đơn vị chưa xây dựng Đề án tái cơ cấu doanh nghiệp giai đoạn 2016-2020...