Về mô hình của Tổ chức phát triển quỹ đất, hiện Bộ đang xây dựng, trình Chính phủ dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung một số Nghị định chi tiết thi hành Luật Đất đai, trong đó có nội dung "Hoàn thiện tổ chức bộ máy, cơ chế hoạt động, cơ chế tài chính của Tổ chức phát triển quỹ đất, đảm bảo tinh gọn, hoạt động hiệu quả, đủ năng lực tạo lập, quản lý, khai thác quỹ đất sạch, thực hiện tốt nhiệm vụ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất".
Theo UBND Tp.HCM, từ khi có hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức và cơ chế hoạt động của Trung tâm phát triển quỹ đất trực thuộc Sở TNMT có hiệu lực đến nay thành phố vẫn chưa thực hiện được do gặp nhiều khó khăn. Cụ thể, do tình hình thực tế tại TP và những khó khăn, tồn tại khi thực hiện việc quản lý một cấp đối với Văn phòng đăng ký đất đai TP và các chi nhánh Văn phòng đăng ký đất đai tại UBND quận - huyện nên TP chưa thực hiện việc tổ chức lại theo đúng quy định về việc thành lập các chi nhánh Trung tâm phát triển quỹ đất quận - huyện thuộc Trung tâm phát triển quỹ đất thành phố trực thuộc Sở TNMT.
Đến ngày 25/10/2017, Nghị quyết số 19-NQ/TW về tiếp tục đổi mới hệ thống tổ chức và quản lý, nâng cao chất lượng và hiệu quả hoạt động của các đơn vị sự nghiệp công lập có quy định "về lĩnh vực tài nguyên và môi trường: Chuyển các Trung tâm phát triển quỹ đất về trực thuộc UBND cấp huyện quản lý ".
Trong quá trình chờ Trung ương thực hiện sửa đổi, xây dựng luật phục vụ triển khai Nghị quyết số 19-NQ/TW, việc tổ chức lại Ban Bồi thường, giải phóng mặt bằng thuộc UBND quận - huyện thành Trung tâm phát triển quỹ đất thuộc UBND quận - huyện sẽ tạo cơ hội cho các đơn vị mở rộng chức năng, nhiệm vụ; có sự tham gia của hệ thống chính trị nên sẽ hiệu quả hơn khi Nhà nước thu hồi đất, đảm bảo tiến độ giao mặt bằng cho nhà đầu tư; tăng cường tính tự chủ của đơn vị.
Bên cạnh đó, việc này còn giúp sắp xếp toàn diện và đồng bộ hệ thống đơn vị sự nghiệp thuộc lĩnh vực tài nguyên môi trường, bảo đảm tinh gọn, cơ cấu hợp lý hơn, giảm mạnh đầu mối, khắc phục tình trạng manh mún, dàn trải và trùng lắp; tinh giản biên chế, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, viên chức.