Bộ trưởng cho biết: "Dưới Bộ thì có chủ đầu tư. Vừa qua, chúng tôi sử dụng thanh tra Bộ để thanh kiểm tra tất cả những dự án mà báo chí và người dân phản ánh về chất lượng, cùng với thanh tra các bộ, Thanh tra Chính phủ, Kiểm toán Nhà nước và kể cả cơ quan điều tra của Bộ Công an để tiến hành xử lý.
Với các công trình chậm tiến độ do yếu tố khách quan như giải phóng mặt bằng, bố trí vốn không kịp thời, chúng tôi kiểm điểm rút kinh nghiệm. Còn các dự án có trách nhiệm chủ quan của các đơn vị có liên quan như chủ đầu tư, ban quản lý dự án thì chúng tôi sẽ xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật, kể cả chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để xử lý nghiêm.
Còn các dự án đội vốn, đa số là dự án đường sắt đô thị, được phê duyệt trước năm 2008. Chúng ta nhớ rằng năm 2008-2009, kinh tế khủng hoảng nghiêm trọng, năm 2009 trượt giá đến gần 20%. Chúng tôi thống kê từ năm 2009-2013, trượt giá vào khoảng 49%, tức là có yếu tố trượt giá, có yếu tố công nghệ mới, thay đổi quy mô của chủ đầu tư, nên có một số dự án đội vốn. Tuy nhiên, với dư luận quan tâm, chúng tôi đã cùng với các cơ quan chức năng và cơ quan điều tra vào cuộc để kiểm tra tất cả các dự án đội vốn".
Song, đại biểu Nguyễn Hữu Cầu cho rằng, không phải chỉ có 5 dự án đường sắt mới có tình trạng đội vốn. Trong tài liệu kiểm toán còn có nhiều dự án đội vốn rất lớn. Đường ven biển Dung Quất - Sa Huỳnh là 6 lần điều chỉnh và tăng mức đầu tư lên 3.956 tỷ VND. Dự án Hệ thống thủy lợi Tân Mỹ (Ninh Thuận) điều chỉnh 3 lần, tăng 2.687 tỷ VND. Dự án Lộ Tể - Rạch sỏi cũng đội vốn lớn. Rất nhiều dự án chứ không chỉ có dự án đường sắt, nên đại biểu yêu cầu bộ trưởng kiểm tra lại, và phải quy trách nhiệm đến cùng của những cá nhân gây ra tình trạng thất thoát lãng phí, xử lý nghiêm và răn đe các dự án sau này.
Bộ trưởng Nguyễn Văn Thể trả lời: "Trong các dự án mà đại biểu Cầu nêu, có 2 dự án do địa phương quản lý. Các dự án chúng tôi nói mang tính chất vượt tổng mức đầu tư số lượng lớn. Còn những dự án vài chục tỷ VND, một hai trăm tỷ VND thì đã được thể hiện trong báo cáo kiểm toán. Tất cả các cơ quan, trong đó có Bộ Giao thông Vận tải và các bộ làm chủ đầu tư cũng như các địa phương đều có trách nhiệm căn cứ vào kết quả kiểm toán để rà soát và xử lý nghiêm các tổ chức cá nhân. Nếu do chủ quan mà vi phạm chúng tôi xin tiếp thu ý kiến của đại biểu Cầu".
Đối với các dự án đường sắt, Bộ trưởng cho biết chúng ta chưa có chủ trương xin vốn nên thường chỉ huy động các doanh nghiệp trong nước, tổ chức như hiện nay rồi trình Quốc hội thông qua, thì hoàn toàn thiếu hụt kinh phí. Vậy nên các doanh nghiệp và các chủ đầu tư cũng căn cứ vào suất đầu tư để giải trình Quốc hội nên số liệu không chuẩn.
Khi có nghị quyết Quốc hội, Bộ tiến hành lập dự án, tư vấn có nghiên cứu kỹ thì thực tế là cán bộ ngành đường sắt của Việt Nam trình độ tư vấn còn hạn chế, khi triển khai kinh doanh đường sắt thường phát sinh nhiều vấn đề. Về dự án đường sắt Hà Nội, liên quan đến tổng thầu, tổng thầu của Trung Quốc là nằm trong hiệp định và Trung Quốc chỉ định nhà thầu. Khi tiến hành, chúng tôi thấy rằng nhà thầu này xây dựng đường sắt rất tốt nhưng vận hành đường sắt thì thiếu kinh nghiệm.
Do đó Bộ đã làm việc với các bên của Trung Quốc, với đại sứ quán và các doanh nghiệp để cải thiện tình hình, sớm đưa dự án vào vận hành. Còn nguyên nhân dự án chưa vận hành, thiết bị đã cung cấp được 99%, các hạng mục đã xong 99%. 1% còn lại là còn một số hạng mục nhỏ trong công tác xây lắp và chứng minh an toàn hệ thống.
Bộ có thuê tư vấn nước ngoài đánh giá an toàn hệ thống, nếu như thông tin tổng thầu cung cấp không chuẩn, tư vấn sẽ không thông qua phương án an toàn hệ thống. Nên hiện nay Bộ cùng với tổng thầu, các cơ quan liên quan cố gắng hoàn thiện 1% này. Khi 1% này xong thì tất cả các thiết bị đảm bảo an toàn hệ thống, mới có thể đi vào hoạt động.