Theo VEC, phương án thu phí toàn tuyến cao tốc Đà Nẵng – Quảng Ngãi được Bộ GTVT phê duyệt, đơn vị sẽ thực hiện thu phí chính thức từ 0h ngày 1/1/2020. Việc thu phí để đảm bảo nguồn trả nợ vốn vay, giảm gánh nặng về tài chính; có nguồn kinh phí để duy tu, bảo vệ kết cấu hạ tầng giao thông...
Theo đó, mức phí bình quân khoảng 1.500 đồng/km/xe tiêu chuẩn (xe dưới 12 chỗ ngồi). Cụ thể, mức phí thấp nhất cho toàn tuyến là 200.000 đồng/lượt/xe dưới 12 chỗ ngồi, xe tải dưới 2 tấn, xe buýt; cao nhất là 790.000 đồng/xe tải từ 18 tấn trở lên và container 40 feet.
Dự án cao tốc Đà Nẵng – Quảng Ngãi có 2 phần, gồm đoạn Đà Nẵng – Quảng Nam sử dụng vốn vay JICA (Nhật Bản) đã đưa vào sử dụng và thu phí từ lâu. Riêng đoạn Quảng Nam – Quảng Ngãi sử dụng vốn vay của Ngân hàng Thế giới (WB), đưa vào sử dụng tháng 9/2018 nhưng chưa được thu phí từ đó tới nay.
Về nguyên nhân VEC chưa được thu phí toàn tuyến cao tốc (chỉ được thu phí phần sử dụng vốn JICA) do sau khi thông xe toàn tuyến, tuyến đường xuất hiện một số hư hỏng, gây bức xúc trong xã hội. Cùng đó, một số công trình liên quan tuyến chưa xong, như đường gom dân sinh, tường rào... nên Bộ GTVT không đồng ý cho thu phí.
Tới nay, sau khi hoàn thiện toàn bộ các hạng mục liên quan, Bộ GTVT mới chính thức cho thu phí với toàn tuyến cao tốc.
Dự án xây dựng đường cao tốc Đà Nẵng- Quảng Ngãi được khởi công ngày 19/5/2013, thông xe và đưa vào khai thác toàn tuyến ngày 02/9/2018. Tổng vốn đầu tư hơn 34.000 tỷ đồng.
Trước đó, ngày 14/11/2019, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an đã tống đạt Quyết định khởi tố bị can, Lệnh bắt tạm giam, Lệnh khám xét đối với 4 bị can về tội “Vi phạm quy định về xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” xảy ra tại VEC, Ban quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và các đơn vị liên quan. Các bị can gồm: Nguyễn Tiến Thành, nguyên Giám đốc Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Hà Văn Bình, nguyên Giám đốc gói thầu số 7, Ban quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Phạm Đình Phú, Phó Tổng giám đốc Công ty Phương Thành, Giám đốc Ban điều hành gói thầu số 5; và Nguyễn Thành An, thành viên Cienco 1, Phó giám đốc Ban điều hành gói thầu số 7. Các đối tượng trên đã có hành vi sai phạm, gây thiệt hại trong quá trình thi công, nghiệm thu dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi.