Ngay trong loạt câu hỏi đầu tiên chất vấn Bộ trưởng Thiện, đại biểu đã nhắc đến câu chuyện chùa Ba Vàng. Cụ thể, đại biểu Nguyễn Thị Lệ Thủy đoàn Bến Tre hỏi: "Cử tri cho rằng việc xử lý hành vi mê tín dị đoan tại chùa Ba Vàng 5 triệu đồng là quá nhẹ, xin hỏi bộ trưởng mức độ xử phạt hành vi này đã đủ sức răn đe những hành vi mê tín di đoan, lợi dụng hoạt động tôn giáo hay chưa? Bộ trưởng có giải pháp gì để ngăn chặn những hành vi mê tín di đoan này?".
Còn đại biểu Nguyễn Mai Bộ, đoàn An Giang đặt câu hỏi về việc việc Bộ không thừa nhận du lịch tâm linh, vậy việc thuơng mại hoá loại hình du lịch này như thế nào. Ông Bộ tạm gọi các công trình này là "chùa BOT" và đặt câu hỏi có hay không việc cán bộ công chức đóng cổ phần? Đồng thời, ông cũng chất vấn Bộ trưởng về biện pháp xử lý.
Với vụ việc chùa Ba Vàng, Bộ trưởng Nguyễn Ngọc Thiện cho rằng hoạt động vi phạm luật pháp của chùa này ảnh hưởng đạo đức lối sống và văn hóa, chúng ta cần lên án và xử lý.
Chính quyền địa phương đã ra quyết định xử phạt với bà Phạm Thị Yến mức 5 triệu đồng, là mức cao nhất trong nghị định. Thừa nhận số tiền này là rất nhỏ, thậm chí nếu nâng thành 100 triệu đồng cũng không phải lớn, Bộ trưởng Thiện cho rằng tiền chỉ là một phần, theo đó cần tăng nặng hình thưc xử phạt. Quan trọng hơn, ông cho biết cần phải kết hợp giữa xử phạt và phê phán từ dư luận.
Đối với câu hỏi về du lịch tâm linh của đại biểu Nguyễn Mai Bộ, ông Thiện cho biết hiện sản phẩm du lịch có 4 loại chính: du lịch biển, du lịch văn hoá, du lịch sinh thái và du lịch đô thị.
Dù vậy, Bộ trưởng cho biết các khái niệm này chỉ mang tính tương đối. Bởi có du lịch thể thao, hội nghị, cùng các loại hình khác như khu du lịch quốc gia, nên khái niệm du lịch tâm linh nằm trong du lịch văn hoá.
Theo ông, với một số khu du lịch có cơ sở tín ngưỡng tôn giáo, ông Thiện cho rằng không gọi là du lịch tâm linh vì có sân golf, chùa, đền nên được gọi là khu du lịch quốc gia.
Phần giải đáp của Bộ trưởng Thiện chưa làm rõ hết các câu hỏi mà đại biểu đặt ra nên Chủ tịch Quốc Hội Nguyễn Thị Kim Ngân yêu cầu giải trình thêm sau khi nghỉ giải lao và phải đi thẳng vào vấn đề.
"Tôi sẽ trả lời hai vấn đề: Thứ nhất là quan điểm về thương mại hoá công trình tâm linh như thế nào. Thứ hai là liên quan đến việc có chùa BOT hay không", Bộ trưởng Thiện cho biết.
Chủ tịch Nguyễn Thị Kim Ngân ngay lập tức đã ngắt lời. Bà nói: "Tôi nói lại là không có khái niệm chùa BOT". Theo bà, gọi như vậy là xúc phạm tín ngưỡng, tôn giáo.
Trả lời tiếp, Bộ trưởng Thiện cho biết việc thương mại hoá công trình tâm linh, lợi dụng tâm linh thu lời bất chính, thực hiện mê tín dị đoan là vi phạm pháp luật, cần lên án xử lý.
Ông Thiện nói rằng trách nhiệm của Bộ là quản lý về văn hoá, còn tôn giáo là thuộc trách nhiệm của Bộ Nội vụ. Tuy nhiên, trong phạm vi quản lý của mình, Bộ trưởng khẳng định chưa có thông tin về đóng góp của quan chức vào xây dựng chùa chiền như câu hỏi của đại biểu.
"Đề nghị đại biểu có thông tin gì thì cung cấp cho Quốc hội, Chính phủ để cùng xử lý", ông nói.
"Đại biểu Quốc hội khi chất vấn cũng chịu trách nhiệm về câu hỏi của mình", bà Kim Ngân nói thêm, "Do đó, như Bộ trưởng nói là chưa có thông tin về quan chức đóng góp cho cái gọi là chùa BOT thì đề nghị đại biểu có thông tin chính xác thì xin cung cấp cho Quốc hội để giám sát cũng như cơ quan quản lý nhà nước xem có việc này hay không nhằm xử lý đúng quy định”.