Qua kết luận thanh tra số 33/KL-TTTP-P3 ngày 12/12/2019 của Thanh tra Tp.HCM tại dự án này, Chủ tịch TP giao Sở Tài nguyên - Môi trường xác nhận nguyên nhân, trách nhiệm trong việc Công ty Vạn Phát Hưng chậm nộp tiền sử dụng đất tại dự án có quy mô 9,33ha, xin ý kiến Hội đồng thẩm định giá đất TP, trình UBND TP xem xét, quyết định về số tiền tương đương tiền chậm nộp tiền sử dụng đất của chủ đầu tư.
Kiểm tra, xử lý các vi phạm về đất đai của công ty đã được nêu tại Kết luận thanh tra theo thẩm quyền, hoặc kiến nghị cơ quan có thẩm quyền xử lý trước khi tiếp tục giải quyết việc cấp GCNQSDĐ.
Chủ trì, phối hợp với Sở Tài chính, UBND huyện Nhà Bè và các cơ quan có liên quan xác định lại chính xác phần diện tích đất nhà nước trực tiếp quản lý tại dự án (đất biền, rạch, đất giao thông nội đồng nằm rải rác, xen kẹp), đề xuất việc thực hiện các nghĩa vụ tài chính liên quan của chủ đầu tư tại dự án theo đúng quy định.
Giám đốc Sở Xây dựng chỉ đạo xử lý theo thẩm quyền đối với các hành vi vi phạm pháp luật về xây dựng, nhà ở, kinh doanh BĐS của Công ty Vạn Phát Hưng. Giao Cục trưởng Cục Thuế TP kiểm tra việc Công ty Vạn Phát Hưng phân bổ giá đất được trừ để tính thuế giá trị gia tăng, bao gồm chi phí thỏa thuận nhận chuyển nhượng quyền sử dụng đất của các hộ dân hơn 52 tỷ đồng (công ty chưa cung cấp tài liệu để chứng minh), nhưng thực tế chi phí này đã được tính khấu trừ hoàn toàn vào tiền sử dụng đất phải nộp, để kết luận, xử lý vi phạm (nếu có) theo đúng quy định của pháp luật, tránh thất thu ngân sách nhà nước.
Đồng thời, chủ trì, phối hợp với Sở Tài chính kiểm tra số tiền hơn 658 tỷ đồng Công ty Vạn Phát Hưng đã nhận từ Trường Đại học Sư phạm Thể dục thể thao, Trường Đại học Tài nguyên - Môi trường về khoản hoàn trả liên quan đến việc bồi thường, hỗ trợ khi Nhà nước thu hồi một phần đất tại dự án, để xác định thuế giá trị gia tăng chủ đầu tư phải nộp theo đúng quy định, đảm bảo thu đúng, thu đủ vào ngân sách nhà nước.
Về trách nhiệm của Chủ tịch UBND huyện Nhà Bè, Chủ tịch UBND TP Nguyễn Thành Phong yêu cầu nghiêm túc chấn chỉnh công tác quản lý nhà nước về đất đai, xây dựng và quy hoạch tại dự án; tăng cường kiểm tra, giám sát chặt chẽ việc thực hiện dự án của Công ty Vạn Phát Hưng, đảm bảo đúng quy hoạch được duyệt. Chủ tịch Nguyễn Thành Phong giao Giám đốc các Sở Xây dựng, Sở Tài nguyên - Môi trường, Cục trưởng Cục Thuế TP, Chủ tịch UBND huyện Nhà Bè, tổ chức kiểm điểm trách nhiệm của các tập thể, cá nhân thuộc quyền quản lý có thiếu sót, sai phạm nêu tại kết luận thanh tra và báo cáo kết quả thực hiện cho UBND TP và Thanh tra TP.