Với vấn đề "chùa BOT" mà các đại biểu nêu ra trong Kỳ họp Quốc hội thứ 7 khóa XIV, đại biểu Thích Bảo Nghiêm - Phó chủ tịch Hội đồng trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam phát biểu trong phiên chất vấn ngày 6/6/2019: "Có ý kiến của một số đại biểu phản ánh về hoạt động các nghi lễ như dâng sao giải hạn, thỉnh vong,... diễn ra tại một số chùa trong thời gian vừa qua, cũng có ý kiến đại biểu lại nêu về loại hình "chùa BOT", chùa xây dựng có sự góp vốn của cá nhân, tổ chức với mục đích kinh doanh.
Là một đại biểu của Quốc hội, là một tu sĩ Phật giáo trên cương vị Phó chủ tịch Hội đồng trị sự Giáo hội Phật giáo Việt Nam, tôi xin trân trọng báo cáo trước Quốc hội và cử tri cả nước rằng tất cả các chùa trên phạm vi cả nước đều do Giáo hội Phật giáo Việt Nam và Giáo hội Phật giáo các địa phương cùng nhân dân xây dựng và quản lý, không có bất kỳ chùa nào nằm ngoài hệ thống này.
Đặc biệt khẳng định không có bất kỳ chùa nào có sự góp vốn, đầu tư xây dựng từ những cá nhân, công chức, tập thể với mục đích kinh doanh mà các đại biểu nêu dưới một cụm từ rất mới, rất lạ là BOT".
Trước đó trong phiên chất vấn ngày 5/6/2019, Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân cũng nhấn mạnh: "Tôi nói lại là không có khái niệm chùa BOT". Theo Chủ tịch, gọi như vậy là xúc phạm tín ngưỡng, tôn giáo.
Bà Kim Ngân nói thêm: "Đại biểu Quốc hội khi chất vấn cũng chịu trách nhiệm về câu hỏi của mình. Do đó, như Bộ trưởng nói là chưa có thông tin về quan chức đóng góp cho cái gọi là 'chùa BOT' thì đề nghị đại biểu có thông tin chính xác thì xin cung cấp cho Quốc hội để giám sát cũng như cơ quan quản lý nhà nước xem có việc này hay không nhằm xử lý đúng quy định".
Phật giáo Việt Nam là một tôn giáo có truyền thống yêu nước, với tinh thần hộ quốc an dân, cùng dân tộc trong quá trình truyền bá tư tưởng giáo lý Phật giáo. Vừa qua, giáo hội Phật giáo Việt Nam đã rất đồng lòng tổ chức thành công đại lễ Vesak, được bạn bè quốc tế Phật giáo đánh giá cao.
Giáo hội Phật giáo Việt Nam với tư cách là thành viên tích cực của Mặt trận tổ quốc Việt Nam, luôn phát huy tinh thần phụng đạo yêu nước, thực hiện đúng tinh thần phương châm của Giáo hội, đạo pháp dân tộc chủ nghĩa xã hội, tích cực hưởng ứng các hoạt động lợi dân, phúc lợi xã hội, xây dựng nếp sống văn minh văn hóa.
Song, đại biểu Thích Bảo Nghiêm cũng thừa nhận, mặc dù là rất ít nhưng vẫn có những "con sâu làm rầu nồi canh". Những hiện tượng sai lệch giáo luật, một số nhà tu hành tại các chùa có ứng xử chưa phù hợp với các phật tử đến lễ chùa, đều đã được Giáo hội Phật giáo Việt Nam trung ương và các giáo hội địa phương nhắc nhở, xử lý, kỷ luật nghiêm khắc theo các quy định của Hiến chương và các nội quy của Giáo hội.
Đại biểu một lần nữa khẳng định: Giáo hội Phật giáo Việt Nam không dung túng, bao che cho bất kỳ một nhà tu hành nào, đặc biệt là các chức sắc khi vi phạm đạo đức và giáo luật.