Xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên là phù hợp với chiến lược phát triển quốc gia biển, chiến lược phát triển kinh tế biển Việt Nam. Đây là nhiệm vụ cụ thể hóa các chủ trương chiến lược của Khu kinh tế Nam Phú Yên trong định hướng phát triển kinh tế - xã hội của Chính phủ cho vùng kinh tế trọng điểm miền Trung, Nam Trung Bộ, cũng như cụ thể hóa các định hướng phát triển trong các quy hoạch vùng Nam Phú Yên – Bắc Khánh Hòa.
Trong đó, xây dựng và phát triển Khu kinh tế Nam Phú Yên trở thành khu kinh tế tổng hợp, đa ngành, đa chức năng là ngành công nghiệp lọc, hóa dầu và các ngành công nghiệp sau dầu, các ngành công nghiệp gắn với cảng biển. Từ đó xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên thành một trung tâm dịch vụ và du lịch cấp quốc gia và khu vực sẽ tạo điểm bứt phá về kinh tế - xã hội trong khu vực Nam Trung Bộ, tạo sự liên kết phát triển giữa các tỉnh vùng Duyên hải Nam Trung bộ và Tây nguyên, thu hẹp khoảng cách trong phát triển kinh tế - xã hội, hội nhập với cả nước và quốc tế.
Bên cạnh đó, việc xây dựng Khu kinh tế Nam Phú Yên thành vùng kinh tế động lực của tỉnh Phú Yên; có hệ thống cơ sở hạ tầng kỹ thuật – xã hội đồng bộ, hiện đại; không gian kiến trúc cảnh quan, đô thị văn minh, tiên tiến, môi trường bền vững và sử dụng đất đai hiệu quả sẽ tạo lập môi trường đầu tư hấp dẫn, cơ chế chính sách thông thoáng với các tiêu chuẩn hạ tầng hiện đại. Làm cơ sở cho các chủ đầu tư lập dự án đầu tư xây dựng theo trình tự quản lý đầu tư xây dựng hiện hành và làm cơ sở pháp lý cho việc quản lý xây dựng theo quy hoạch.
Sau khi nghe báo cáo của đại diện lãnh đạo tỉnh Phú Yên, đại diện các bộ ngành liên quan đã trực tiếp đưa ra các ý kiến tư vấn như việc cần đưa ra các luận chứng xác thực làm thế nào để Phú Yên trở thành khu du lịch mạnh.
Đại diện Bộ Công Thương nhấn mạnh việc các dự án nên có định hướng để thu hút nhà đầu tư và lãnh đạo tỉnh cần chú trọng đến việc quy hoạch năng lượng sắp tới để tránh việc điều chỉnh quy hoạch về sau.
Bên cạnh đó, tỉnh Phú Yên cần chú trọng đến hạ tầng và xử lý nước thải như thế nào để khu kinh tế không làm ảnh hưởng đến môi trường. Việc làm rõ mục tiêu, tính chất phát triển du lịch, phát triển cảng như thế nào trong bối cảnh hiện nay cũng cần được nêu rõ.
Đại diện lãnh đạo tỉnh Phú Yên cho biết: Việc quy hoạch hạ tầng cấp quốc gia đã được điều chỉnh trong đề án. Tỉnh Phú Yên xác định Khu kinh tế Nam Phú Yên là khu kinh tế đa ngành, chính vì vậy tỉnh sẽ không thể từ bỏ khu công nghiệp vì khu công nghiệp đã gắn với cơ sở hạ tầng, tạo việc làm cho người lao động trong tỉnh và là nguồn thu ngân sách đáng kể của tỉnh.
Chính vì vậy, tỉnh Phú Yên sẽ ưu tiên ngành công nghiệp sạch, khu công nghệ cao… để làm sao việc phát triển khu công nghiệp không xung khắc với ngành du lịch, hai bên sẽ phát triển hài hòa. Kinh tế biển cũng là hướng phát triển được đánh giá cao, bởi Phú Yên có những nguồn nước biển sâu có thể khai thác nước khoáng hoặc dùng trong ngành mỹ phẩm… công nghiệp, du lịch, kinh tế biển sẽ là hướng phát triển mũi nhọn của Phú Yên.
Phát biểu tại hội nghị, bà Trần Thu Hằng - Vụ trưởng Vụ Quy hoạch kiến trúc, Bộ Xây dựng cho biết: Đề án đã đánh giá được tầm quan trọng của nhiệm vụ Khu kinh tế Nam Phú Yên, nhưng cần bổ sung những quyết định mới nhất để đủ căn cứ pháp lý và có đủ định hướng mới. Tỉnh Phú Yên đã đi đến thống nhất đây là khu kinh tế tổng hợp đa ngành, chủ chốt, kinh tế biển là nhiệm vụ bao trùm, cần được mở và gợi mở cho đề án sau này. Đây chính là định hướng cơ cấu cho khu kinh tế, chính vì vậy, tỉnh Phú Yên cần làm nổi bật được nhiệm vụ của khu kinh tế. Khi tỉnh thu hút đầu tư nên linh hoạt cho chiến lược phát triển, đánh giá hiện trạng làm rõ kết nối vùng trong thời gian qua, đánh giá hiện trạng quy hoạch của khu kinh tế.
Ngoài ra, tỉnh Phú Yên cần làm rõ và chú trọng hơn các vấn đề như: Môi trường, hạ tầng kỹ thuật, khai thác tiềm năng, phát triền du lịch gắn với công nghiệp, gắn với kinh tế biển, gắn với dịch vụ du lịch, ngập lụt, biến đổi khí hậu...