Năm 2007, Dự án Đường sắt đô thị TP.HCM tuyến số 1 (Bến Thành - Suối Tiên) được phê duyệt lần đầu năm 2007 với tổng mức đầu tư hơn 126 tỷ yên (tương đương 17.388 tỷ đồng). Tại thời điểm này, Dự án không thuộc diện phải trình Quốc hội phê duyệt chủ trương đầu tư.
Ngày 21/02/2008, Chủ tịch UBND TP.HCM tham dự lễ khởi công xây dựng dự án. Nhưng phải tới 28/8/2012, việc khởi công gói thầu đầu tiên (gói thầu "Xây dựng đoạn đi cao và Depot") mới được diễn ra. Tổng mức đầu tư của dự án được cập nhật là hơn 236 tỷ yên (tương đương 47.325 tỷ đồng). Đây là con số được phía tư vấn Nhật Bản tính toán, nhận được đồng thuận của Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Thủ tướng cũng đã ban hành chỉ thị UBND TP.HCM phê duyệt tổng mức đầu tư mới vào năm 2011.
Việc tổng mức đầu tư tăng tới 2 lần, lên đến 47.325 tỷ đồng đã khiến dự án thuộc diện công trình quan trọng quốc gia, phải báo cáo Quốc hội. Cơ quan lập pháp phải cho phép điều chỉnh tổng mức đầu tư và thông qua chủ trương bố trí vốn cho phần điều chỉnh tăng. Trong thời gian 2011 – 2017, Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải đã thừa ủy quyền Thủ tướng, thay mặt Chính phủ thực hiện việc báo cáo Quốc hội.
Nguy cơ Dự án tạm ngưng thi công do tắc vốn càng tăng khi chính sách kiểm soát nợ công được ban hành. Năm 2016, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt Kế hoạch đầu tư công trung hạn 2016-2020. Trước đó, Chính phủ đã đặt ra mức giới hạn vay tối đa trong 1 năm đối với các dự án vốn vay ODA căn cứ theo Luật Ngân sách Nhà nước. Những chính sách này nhằm kiểm soát nợ công, không để vượt quá tỷ lệ 65% GDP do Quốc hội đưa ra.
Do đó, Dự án đường sắt đô thị TP.HCM tuyến số 1 chỉ được nhận 2.119 tỉ đồng vốn giải ngân trong năm 2017, dù nhu cầu lên đến 5.422 tỉ đồng. Việc chậm trễ trong giải ngân khiến các nhà thầu khó có thể tiếp tục thi công Dự án.
Để Dự án có thể tiếp tục thi công khi Chính phủ thắt chặt vay nợ, chính quyền TP.HCM đã tạm ứng 1.673 tỷ đồng để chi trả cho các nhà thầu. Trong khi Quốc hội chưa có quyết định cuối cùng, tỷ lệ cấp phát vốn cũng chưa được thống nhất giữa Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài chính và TP.HCM. Số tiền mà chính quyền TP.HCM tạm ứng chỉ mang tính tình thế và không thể khơi thông được nguồn vốn ODA.
"Việc thực hiện các thủ tục rất chậm trễ. Khi giải ngân, chúng tôi phải căn cứ vào hóa đơn, chứng từ do phía Việt Nam chuyển cho JICA. Chính phủ chậm đưa ra những hóa đơn thanh toán nên chúng tôi không thể giải ngân" – bà Takahashi Junko, Phó Trưởng Đại diện JICA Việt Nam phụ trách vấn đề giao thông nói.
Bà Takahashi Junko: "Giải ngân vốn ODA phải căn cứ vào hóa đơn, chứng từ do phía Việt Nam cung cấp".
Quy trình này giải thích tại sao việc giải ngân vốn ODA rất chậm trễ dù các nhà tài trợ đã chuẩn bị đầy đủ nguồn vốn. Theo JICA, Chính phủ Nhật Bản cùng với các nhà tài trợ lớn khác đã có các cuộc đối thoại cấp cao với Chính phủ Việt Nam về phân bổ ngân sách cho Dự án đường sắt đô thị TP.HCM, tuyến Bến Thành - Suối Tiên.
"Chính quyền TP.HCM rất thiện chí nhưng không thể ứng trước mãi được. Chúng tôi đang phối hợp với Đại sứ quán Nhật Bản để đưa ra những giải pháp lâu dài hơn. Đối với những dự án lớn, Chính phủ phải thay đổi kế hoạch để phân bổ lại vốn" – bà Takahashi Junko cho biết.
Dự kiến, việc điều chỉnh tổng mức đầu tư Dự án đường sắt đô thị TP.HCM, tuyến Bến Thành - Suối Tiên sẽ được lại được trình lên Quốc hội xem xét tại kỳ họp tháng 5/2018.