Theo Thiếu tướng Tô Ân Xô, ngày 28/8, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an đã ra quyết định khởi tố bị can và thực hiện lệnh bắt tạm giam 4 tháng đối với ông Nguyễn Đức Chung về hành vi chiếm đoạt tài liệu bí mật nhà nước quy định tại điều 337 Bộ Luật hình sự năm 2015 và sửa đổi bổ sung năm 2019.
Trước đó, Bộ Công an cũng thông báo ông Chung có liên quan đến vụ án chiếm đoạt tài sản, hay còn gọi là vụ "Nhật Cường", và một vụ án nữa là quản lý, sử dụng tài sản nhà nước, gây thất thoát, lãng phí.
Về vụ tài liệu bí mật, Cơ quan An ninh điều tra đã chứng minh ông Chung có hành vi chiếm đoạt tài liệu bí mật và trong các tài liệu, này có tài liệu liên quan đến vụ Nhật Cường.
Về vụ Nhật Cường, Bộ Công an đã khởi tố 29 bị can với 4 tội danh buôn lậu, vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng, rửa tiền, vi phạm quy định về đấu thầu gây hậu quả nghiêm trọng. Trong số 28 bị can này, có bị can Bùi Quang Huy bị khởi tố cả 4 tội danh. Nhưng bị can Huy đang trốn và Bộ Công an đang truy nã.
Ông Bùi Quang Huy sử dụng tư cách pháp nhân của Nhật Cường để tổ chức buôn lậu 260 nghìn sản phẩm điện thoại và thiết bị điện tử các loại với giá trị là 3.200 tỷ đồng, thu lời bất chính 236 tỷ đồng.
Ngoài ra, về tội trốn thuế, ông Huy lập sổ sách kế toán để che giấu khoảng 30 tỷ đồng. Qua quá trình điều tra, cơ quan điều tra thấy rằng gói thầu số hóa của Sở kế hoạch Đầu tư Hà Nội, làm rõ hành vi vi phạm quy định đấu thầu gây thiệt hại 19,8 tỷ đồng, trong này có một phần trách nhiệm của ông Nguyễn Đức Chung.
Về tội danh gây thất thoát, lãng phí xảy ra tại Thành phố Hà Nội, quá trình triển khai thực hiện xử lý ô nhiễm nước hồ bằng chế phẩm Redoxy-3C, mặc dù Thành phố Hà Nội đã trực tiếp đàm phán với phía đối tác Đức - sản xuất hóa chất này riêng cho Thành phố Hà Nội, nghiên cứu đặc tính của sông, hồ Hà Nội, đoàn Hà Nội đã sang làm.
Nếu ký trực tiếp với công ty này, thì rất bình thường, nhưng quá trình mua sản phẩm lại ký qua một công ty khác. Qua tiến hành điều tra, Cơ quan điều tra thấy rằng, do phải ký với một đại lý nên thất thoát của nhà nước khoảng 41 tỷ đồng. Thiếu tướng Xô cho biết, với vai trò Chủ tịch, ông Chung cũng có một phần trách nhiệm ở đây.