Thanh tra Chính phủ đã nghe báo cáo kết quả thực hiện kết luận thanh tra và những khó khăn vướng mắc. Sau khi kết luận được ban hành, Bộ Giao thông vận tải có kế hoạch triển khai kết luận thanh tra trên hai phương diện và đến nay Bộ Giao thông vận tải đã ban hành thông báo thu hồi hai văn bản trước đây (16937 ngày 27/12/2014 và 6327 ngày 20/5/2015) có nội dung không đúng với quy định của pháp luật.
Bộ Giao thông vận tải cũng đã chỉ đạo Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam Vinalines trực tiếp làm việc với đại diện cổ đông của Vinalines.
"Theo báo cáo mới nhất và kết quả chúng tôi nắm được thì đến nay các bên đã thống nhất với nhau thực hiện các thủ tục về cơ bản là 75,01% cổ phần trước đây Vinalines đã thoái và thu hồi về cho Nhà nước. Thứ hai, Vinalines đã chuẩn bị các điều kiện về tài chính, sẵn sàng thanh toán khoản tiền trước đây các cổ đông đã thanh toán cho Vinalines. Thứ ba là tiến hành các thủ tục pháp lý để đăng ký các cổ phần chuyển cho các cổ đông không phải là Nhà nước sang cho đại diện Nhà nước là Vinalines", ông Bùi Ngọc Lam cho biết.
Cũng theo Phó Tổng Thanh tra Chính phủ Bùi Ngọc Lam, Phó Thủ tướng Trương Hoà Bình đã chỉ đạo Bộ Giao thông vận tải chủ trì, chỉ đạo Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam khẩn trương tiếp nhận quản lý đối với 75,01% vốn cổ phần. Các bộ, ngành tập trung xem xét, tháo gỡ vướng mắc khó khăn, thực hiện kết luận thanh tra theo quyết định của Thủ tướng, đảm bảo khẩn trương, minh bạch và đúng quy định.
Cảng Quy Nhơn được hình thành năm 1976 do Cục Đường biển (Bộ Giao thông vận tải) quản lý. Đến năm 1993, Bộ Giao thông vận tải quyết định thành lập doanh nghiệp nhà nước Cảng Quy Nhơn. Năm 2009, cảng trực thuộc Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam (Vinalines), đổi tên là Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn. Tháng 7/2013, Vinalines phê duyệt phương án cổ phần hóa, chuyển Công ty TNHH MTV Cảng Quy Nhơn thành Công ty CP Cảng Quy Nhơn (QNP) với vốn điều lệ hơn 404 tỷ đồng, trong đó Vinalines nắm giữ 75,1%, còn lại các cổ đông nắm giữ 24,9%.Được biết, 2 văn bản được Bộ Giao thông vận tải hủy bỏ gồm: Văn bản 16937/BGTVT-QLDN ngày 27/12/2014 về chuyển nhượng 26,01% cổ phần và văn bản số 6327/BGTVT-QLDN ngày 20/5/2015 về chuyển nhượng 49% cổ phần vốn sở hữu nhà nước (Vinalines đại diện phần vốn) tại Công ty CP Cảng Quy Nhơn cho Công ty CP Đầu tư và Khoáng sản Hợp Thành (ở Hà Nội) theo phương thức thỏa thuận trực tiếp.
Trước khi cổ phần hóa, cảng Quy Nhơn là một trong những cảng tổng hợp quốc gia, đầu mối khu vực loại 1 của nhóm cảng biển Nam Trung Bộ với hệ thống 20.960m2 kho, 48.000 m2 bãi chứa container. Cùng với đó, cảng có trụ sở làm việc 3 tầng đồ sộ, hàng chục gian nhà ở và hơn 300.000 m2 đất các loại ngay trong nội thành Quy Nhơn dưới hình thức thuê đất 50 năm hoặc giao đất không thu tiền sử dụng đất.
Ngoài hạ tầng cơ sở và diện tích đất bạt ngàn, cảng Quy Nhơn còn có 6 cầu tàu với tổng chiều dài 824 m, trong đó lớn nhất là cầu tàu số 6 có thể tiếp nhận tàu tải trọng 50.000 tấn giảm tải ra vào làm hàng. Bên cạnh đó, cảng sở hữu 165 phương tiện, thiết bị chuyên dùng trị giá hàng trăm tỉ đồng, như cần cẩu có sức nâng từ 7 đến 100 tấn, xe nâng, tàu lai, ô tô tải, xe xúc, xe đào, trạm cân. Trong đó, riêng cần cẩu bờ di động sức nâng 100 tấn có giá trên thị trường khoảng 150 tỉ đồng.
Đến tháng 6/2015, Vinalines bất ngờ chuyển nhượng đợt 2 với 10,5 triệu cổ phần, tương đương 26,01% tỷ lệ sở hữu QNP cho Công ty CP Đầu tư khoáng sản Hợp Thành. Đến tháng 9/2015, Vinalines tiếp tục bán toàn bộ phần vốn còn lại trong QNP (19,8 triệu CP với tỷ lệ 49%) cho Công ty Hợp Thành, giúp doanh nghiệp này tăng tỷ lệ nắm giữ QNP lên 86,23% với tổng trị giá 440 tỷ đồng.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ tại đây, cơ quan này đã phát hiện nhiều vi phạm nghiêm trọng trong quá trình cổ phần hoá cảng Quy Nhơn. Cụ thể Bộ Giao thông vận tải đã bán trái phép cổ phần Nhà nước tại đơn vị này. Vì vậy, Thanh tra Chính phủ kiến nghị giao Bộ Giao thông vận tải chủ trì, thu hồi 75% cổ phần tại cảng Quy Nhơn đã được Bộ cho phép chuyển nhượng cho Công ty Hợp Thành.