Theo đó, đối với phương án 1, Công ty Tuấn Dung đề xuất cải tạo ga Nha Trang thành ga khách, xây dựng mới cầu quay đầu máy để bỏ đường vòng. Xây dựng ga Vĩnh Trung mới (Km 1322+000) là ga hàng hóa có khu chỉnh bị đầu máy toa xe; Xây dựng đường vòng trạm C tại khu vực nút giao thông Ngọc Hội để tránh tàu hàng đi vào trung tâm thành phố.
Theo phương án này, sau khi di dời ga hàng hóa tại Vĩnh Trung, đất khu vực ga Nha Trang với diện tích khoảng 36.450 m2 sẽ được bố trí xây dựng chung cư cao tầng (30 tầng), công trình hỗn hợp (35 tầng), nhà ở thương mại, cây xanh công viên, đường giao thông nội bộ.
Phương án 2: Cải tạo nhà ga Nha Trang thành bảo tàng du lịch. Dỡ bỏ ga Nha Trang và đường bóng đèn hiện tại, cải tuyến đường sắt chính tuyến từ Km1312+500 đến Km1318+300, đường sát không vào trung tâm thành phố Nha Trang. Xây dựng ga Vĩnh Trung mới tại Km 1322+000 là ga kỹ thuật hỗn hợp khách hàng có khu chỉnh bị đầu máy toa xe.
Nếu theo phương án 2, quy hoạch sử dụng đất khu vực ga Nha Trang với diện tích khoảng 114.287m2 sẽ được bố trí để xây dựng: Bảo tàng ga, chung cư cao tầng (30 tầng) công trình hỗn hợp(35 tầng), nhà ở xã hội, nhà liền kề, nhà ở kết hợp thương mại, cây xanh công viên, đường giao thông nội bộ.
Ngoài phương án của doanh nghiệp, báo cáo của các sở ngành, ý kiến của các thành viên tham dự họp, Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa hoanh nghênh việc Công ty Tuấn Dung cùng với các đơn vị tư vấn đã quan tâm, nghiên cứu đề xuất các phương án cải tạo, di dời ga Nha Trang trên tinh thần kết luận của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải Nguyễn Văn Thể tại Thông báo số 129/TB-BGTVT ngày 23/4/2019.
Theo ông Nguyễn Tấn Tuân, nội dung báo cáo của Công ty TNHH Tập đoàn Thương mại Tuấn Dung và các đơn vị tư vấn tại cuộc họp mới chỉ là phương án đề xuất ban đầu, chưa phải là hồ sơ đề xuất thực hiện dự án chính thức theo quy định tại Nghị định số 63/2018/NĐ-CP ngày 04/5/2018 của Chính phủ về đầu tư theo hình thức đối tác công tư (PPP). Do đó, Công ty Tuấn Dung cùng các đơn vị tư vấn cần tiếp thu các ý kiến tham gia của các Sở ban ngành, địa phương và các đơn vị liên quan đề tiếp tục nghiên cứu, hoàn thiện hồ sơ đề xuất thực hiện dự án đảm bảo tính khả thi, trình Bộ Giao thông vận tải xem xét theo đúng quy định.
"Lưu ý, phải có phương án bố trí tái định cư tại chỗ cho các đối tượng bị ảnh hưởng; việc sử dụng quỹ đất tại khu vực Ga Nha Trang hiện hữu để hoàn vốn dự án đầu tư khác; công trình kiến trúc Ga Nha Trang thuộc danh mục kiểm kê di tích lịch sử, văn hóa của tỉnh, do đó phải dược giữ lại nguyên trạng để tồ chức không, gian, kiên trúc, cảnh quan gắn kết với Công viên Võ Văn Ký phục vụ công cộng". Kết luận của Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa nêu rõ.
UBND tỉnh Khánh Hòa sẽ có ý kiến chính thức về lựa chọn phương án đầu tư sau khi Bộ Giao thông vận tải xem xét hồ sơ đề xuất thực hiện dự án và có đề nghị làm việc với tỉnh Khánh Hòa.