Tổng cục Thuế đã yêu cầu các cục thuế thực hiện rà soát, phân loại và tiến hành thanh tra, kiểm tra theo hướng dẫn; phối hợp với cơ quan hải quan, cơ quan công an để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Đồng thời, tiếp tục tăng cường phối hợp với Tổng cục Hải quan kịp thời trao đổi và cung cấp thông tin, đẩy mạnh việc thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế. Khi thanh tra, kiểm tra, cơ quan thuế sẽ thực hiện đối chiếu hồ sơ thực tế, bản chất các giao dịch và so sánh với các quy định của pháp luật về thuế để kịp thời phát hiện hành vi vi phạm (nếu có) để xử lý theo quy định.
Hiện nay, Tổng cục Thuế cũng đang xây dựng cơ sở dữ liệu lớn (Big Data) về người nộp thuế, trong đó có các thông tin về tình hình thực hiện nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp, quản lý hóa đơn điện tử cũng như hoàn thuế giá trị gia tăng.
Bên cạnh đó, ngành thuế sẽ tiếp tục rà soát các trường hợp tương tự đối với các mặt hàng có rủi cao về hoàn thuế giá trị gia tăng; công khai thông tin về các doanh nghiệp vi phạm pháp luật về thuế, các doanh nghiệp có hành vi mua bán hóa đơn bất hợp pháp đến người nộp thuế. Qua đó, kịp thời ngăn chặn và xử lý các trường hợp tương tự, kiên quyết đấu tranh ngăn ngừa hành vi vi phạm pháp luật trong hoàn thuế, tránh thất thu ngân sách nhà nước.
Thời gian qua, tình trạng gian lận tiền hoàn thuế giá trị gia tăng diễn ra ngày phức tạp, với các thủ đoạn tinh vi, gây ra nhiều thiệt hại đối với ngân sách nhà nước. Bộ trưởng Bộ Tài chính Hồ Đức Phớc cũng đã chỉ đạo Tổng cục Thuế và Tổng cục Hải quan tăng cường hơn nữa quản lý thuế, kiểm soát chặt chẽ việc kê khai và hoàn thuế giá trị gia tăng, kết hợp với nhiều biện pháp nhằm đấu tranh, ngăn chặn hiệu quả các hành vi gian lận thuế.
Theo đó, Bộ trưởng Bộ Tài chính yêu cầu Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan kiểm tra chặt chẽ hồ sơ kê khai hoàn thuế giá trị gia tăng đảm bảo đúng đối tượng, đúng chính sách pháp luật; tăng cường kiểm tra trước, trong và sau hoàn thuế; đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong quản lý hoàn thuế, sớm áp dụng hóa đơn điện tử, dữ liệu lớn hóa đơn điện tử trên phạm vi toàn quốc để ngăn chặn tình trạng hoàn thuế khống, sử dụng hóa đơn giả,... gây thất thoát cho ngân sách nhà nước.
Cùng với đó, kịp thời phát hiện dấu hiệu vi phạm pháp luật, chuyển cơ quan điều tra để xử lý nghiêm đối với các tổ chức, cá nhân lợi dụng chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng gian lận, lập hồ sơ khống, quay vòng, sử dụng hóa đơn giả,... nhằm thu hồi số tiền thất thoát vào ngân sách nhà nước.
Tính đến hết ngày 29/9, cơ quan thuế đã ban hành 15.863 quyết định hoàn thuế giá trị gia tăng với tổng số tiền hơn 110.225 tỷ đồng, bằng 80,8% dự toán hoàn thuế giá trị gia tăng năm 2021 đã được Quốc hội thông qua (136.500 tỷ đồng), bằng 115,6% so với cùng kỳ năm 2020.
Trong đó, số tiền hoàn thuế trong quý III/2021 là hơn 35.491 tỷ đồng (hoàn cho xuất khẩu hơn 30.004 tỷ đồng, hoàn cho đầu tư hơn 5.243 tỷ đồng, hoàn khác hơn 243 tỷ đồng), bằng 104,9% kế hoạch quý III/2020, bằng 87,8% so với quý II/2021.
Cũng theo báo cáo của Tổng cục Thuế về tình hình chi hoàn thuế giá trị gia tăng (số liệu do Kho bạc Nhà nước cung cấp), tính đến ngày 28/9/2021, tổng số tiền đã chi hoàn thuế giá trị gia tăng qua Kho bạc Nhà nước từ dự toán năm 2021 là 108.724 tỷ đồng.