Theo KTNN, BSR xác định giá trị thực tế của tài sản cố định chưa đầy đủ. KTNN kiến nghị điều chỉnh tăng 4.894 tỷ đồng. Đối với giá trị lợi thế kinh doanh, BST chưa xác định đúng giá trị thương hiệu do tính thiếu chi phí đào tạo nhân viên, chi phí quảng cáo, giới thiệu sản phẩm…
KTNN đã xác định lại giá trị thương hiệu của BSR tăng 53,7 tỷ đồng. Đồng thời, qua kiểm toán xác định lại giá trị tiềm năng phát triển của BSR, KTNN đề nghị tăng 363,7 tỷ đồng.
Trong kết quả xác định giá trị doanh nghiệp của BSR, KTNN cũng cho biết, một số tài sản là nhà cửa, vật kiến trúc và các hạng mục công trình xây dựng trong phân xưởng công nghệ Polypropylen được hình thành và đưa vào sử dụng cùng thời điểm với các tài sản là sản phẩm xây dựng cơ bản khác chưa xác định giá trị thực tế.
Đơn vị đang xác định nguyên giá theo giá trị sổ sách, chưa xét thêm yếu tố trượt giá do chưa có quy định hệ số trượt giá của loại và cấp công trình tương tự với nguyên giá là 675,3 tỷ đồng và giá trị còn lại tương ứng xấp xỉ 500 tỷ đồng.
BSR đang quản lý và sử dụng nhà kho P1 do Ban Quản lý dự án Nhà máy Lọc dầu Dung Quất mua lại của nhà thầu Technip với giá 50.000 USD, tương đương gần 950 triệu đồng, nhưng bàn giao thiếu hồ sơ tài sản cho BSR.
Tại thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp, tài sản trên đang được BSR quản lý và sử dụng nhưng chưa được thống kê tại bảng kê tài sản hiện có. Do vậy, đơn vị tư vấn chưa đánh giá xác định giá trị thực tế của nhà kho trên.
Đối với các khoản đầu tư tài chính dài hạn, BSR đang đề xuất thoái vốn hoặc chuyển giao vốn tại Công ty cổ phần Nhiên liệu sinh học dầu khí miền Trung, Công ty cổ phần Bảo dưỡng và sửa chữa công trình dầu khí, Công ty TNHH Kho ngầm xăng dầu Dầu khí Việt Nam với tổng giá trị được xác định lại vào giá trị doanh nghiệp là hơn 430 tỷ đồng.
Sau khi xem xét các tồn tại, sai sót và xử lý các vấn đề cần lưu ý, KTNN đánh giá, giá trị doanh nghiệp, giá trị vốn nhà nước tại BSR tại thời điểm ngày 31/12/2015 theo phương pháp tài sản do tổ chức tư vấn định giá UHY ACA và BSR đề xuất về cơ bản là hợp lý.
Qua kiểm toán xác định: Tổng giá trị thực tế của doanh nghiệp tăng thêm 5.359 tỷ đồng, tương đương 7,94%; tổng giá trị thực tế phần vốn Nhà nước tại doanh nghiệp tăng thêm hơn 4.500 tỷ đồng, tương đương tăng 11,37%.
Qua kiểm toán rà soát Báo cáo tài chính năm 2015 và xử lý tài chính tại BSR, KTNN điều chỉnh: Thuế Thu nhập DN phải nộp tại BSR tăng hơn 51 tỷ đồng; lợi nhuận còn lại sau phân phối phải nộp Công ty mẹ - Tập đoàn Dầu khí Việt Nam là hơn 724 tỷ đồng, trong đó, lợi nhuận sau phân phối Công ty mẹ - Tập đoàn Dầu khí phải nộp NSNN là hơn 434 tỷ đồng.
Căn cứ vào kết quả kiểm toán, KTNN đề nghị BSR kiểm tra, điều chỉnh báo cáo tài chính 2015 đối với các nội dung liên quan đến công tác xử lý tài chính; phối hợp với Công ty TNHH Kiểm toán và tư vấn UHY ACA điều chỉnh lại kết quả xác định giá trị doanh nghiệp và giá trị phần vốn Nhà nước tại thời điểm 24h ngày 31/12/2015 trình cấp có thẩm quyền xem xét các vấn đề cần lưu ý và phê duyệt giá trị doanh nghiệp theo quy định.
Đối với các khoản công nợ chưa được đối chiếu, BSR tiếp tục theo dõi, thu hồi khi đến hạn theo quy định. Đồng thời, thực hiện nộp NSNN thuế thu nhập doanh nghiệp do KTNN phát hiện tăng thêm, số tiền hơn 51 tỷ đồng; nộp lợi nhuận còn lại do KTNN phát hiện tăng thêm về Tập đoàn Dầu khí Việt Nam, số tiền hơn 720 tỷ đồng.