Báo cáo tài chính hợp nhất năm 2017 của Tổng công ty được lập dựa trên cơ sở giả định các công ty con hoạt động liên tục. Tuy nhiên, các Công ty con như: CTCP Vận tải biển Việt Nam, CTCP Vận tải và Thuê tàu biển Việt Nam, CTCP Đầu tư Cảng Cái Lân, Công ty TNHH MTV Vận tải Biển Đông, CTCP Vận tải biển Vinaship… hầu hết đều làm ăn thua lỗ, âm vốn chủ sở hữu, âm vốn lưu động ròng, gánh nặng từ những khoản nợ quá hạn và đến hạn trả.
Các công ty này lại chiếm tỷ trọng lớn trong cơ cấu tổng tài sản và tổng nợ phải trả trên báo cáo tài chính hợp nhất ảnh hưởng đến chất lượng số liệu được đánh giá.
Bên cạnh đó, việc không nhất quán trong việc áp dụng chuẩn mực kế toán trong báo cáo tài chính năm 2017 của Công ty TNHH MTV Vận tải Biển Đông ảnh hưởng đến độ tin cậy của báo cáo kết quả kinh doanh của Tổng công ty.
Theo đó, khoản chênh lệch giá trị nhận nợ gốc và lãi vay phải trả các tổ chức tín dụng phát sinh từ trước năm 2017 1.661 tỷ đồng được ghi nhận vào phần tăng giá trị vốn nhà nước tại công ty theo hướng dẫn tại công văn số 751/BTC-TCDN ngày 11/09/2015 mà không ghi nhận vào kết quả hoạt động kinh doanh theo chế độ kế toán doanh nghiệp Việt Nam.
Tuy nhiên đối với khoản chênh lệch giá trị nhận nợ gốc và lãi vay phải trả các tổ chức tín dụng phát sinh năm 2017, công ty lại ghi nhận giảm chi phí tài chính trong năm 98 tỷ đồng. Nếu nhất quán theo công văn số 751/BTC-TCDN ngày 11/09/2015, trên báo cáo kết quả kinh doanh năm 2017 chi phí tài chính và lợi nhuận sau thuế tăng và giảm tương ứng 98 tỷ đồng.
Đáng chú ý trong các cơ sở để từ chối đưa ra ý kiến của kiểm toán là khoản đầu tư 03 với giá trị 228 tỷ đồng theo các dự án Đóng 02 tàu 47.500 DWT - HB 02/03 tại Công ty TNHH MTV Đóng tàu Hạ Long, Dự án tiếp nhận 20 tàu biển đang đóng dở tại Vinashin, Chương trình đóng mới 32 tàu biển được Tổng công ty hạch toán dưới dạng hàng tồn kho và khoản 171 tỷ đồng chi phí xây dựng cơ bản dở dang phát sinh từ một số dự án đã dừng hoạt động. Do đó kiểm toán không đánh giá được lợi ích kinh tế cũng như khả năng thu hồi vốn của các dự án trên.
Ngoài ra, công ty cũng không đưa ra được những chứng từ phù hợp về giá trị cũng như kỳ hạch toán đối với một số khoản mục khác trên báo cáo tài chính hợp nhất năm 2017.
Đây không phải lần đầu kiểm toán từ chối đưa ra ý kiến đối với báo cáo tài chính hợp nhất của Tổng công ty Hàng hải Việt Nam. Năm 2016, Công ty TNHH KPMG đã từ chối đưa ra ý kiến đối với Báo cáo tài chính hợp nhất của Tổng Công ty cũng với lý do không thu thập được bằng chứng kiểm toán thích hợp.
Theo báo cáo tài chính năm 2017, lợi nhuận sau thuế của công ty đạt 748 tỷ đồng tăng gần gấp đôi so với năm ngoái dù doanh thu chỉ đạt 13.560 tỷ đồng, giảm 7,2% so với năm 2016.
Sau hơn 6 năm tái cơ cấu, Vinalines vẫn gánh hơn 11.219 tỷ đồng nợ gốc, trong đó 4.374 tỷ đồng nợ vay ngắn hạn và 6.845 tỷ đồng nợ vay trung, dài hạn tại các tổ chức tín dụng. Nợ nhiều dẫn đến áp lực trả lãi lớn. Tính riêng năm 2017, chi phí lãi vay lên đến 807 tỷ đồng tương đương 6% doanh thu.