Cụ thể, Kiểm toán Nhà nước chỉ ra tại Công ty cổ phần Đầu tư Phát triển nhà Đà Nẵng, UBND TP giao đất từ năm 2010 để thực hiện dự án xây dựng nhà chung cư cao tầng tại hai thửa đất tại 13 Nguyễn Chí Thanh và 59 Lê Duẩn nhưng công ty không sử dụng đúng mục đích. Trong đó, lô đất 13 Nguyễn Chí Thanh mang góp vốn bằng quyền sử dụng đất để thành lập pháp nhân mới mà không triển khai dự án. Lô đất 59 Lê Duẩn đã chuyển nhượng cho tổ chức bên ngoài và hiện đang xây dựng khách sạn.
Đối với Công ty cổ phần Môi trường đô thị Đà Nẵng, Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra Công ty này có ba thửa đất (diện tích 0,1 ha) sử dụng một phần diện tích không đúng mục đích được giao. Trong đó, diện tích thửa đất 469 Núi Thành (411 m2) sử dụng vào mục đích liên doanh liên kết, không đúng với mục đích sử dụng đất được thuê và hiện bị bên ngoài chiếm dụng. Công ty này chưa thu hồi được, phải khởi kiện ra tòa và đang trong quá trình tố tụng.
Còn tại Công ty CP Vật liệu xây dựng – Xây lắp và kinh doanh Nhà Đà Nẵng, theo Kiểm toán Nhà nước, doanh nghiệp này đã chuyển nhượng cho 2 cá nhân theo Hợp đồng chuyển sử dụng đất và tài sản gắn liền trên đất với giá là 11,7 tỷ đồng, trong đó quyền sử dụng đất là 11,6 tỷ đồng, thấp hơn 773 triệu đồng so với giá trị đã xác định tại thời điểm trước đó một năm. Đồng thời không thực hiện đúng với phương án sử dụng đất đã được TP phê duyệt.
Tại Công ty cổ phần cấp nước Đà Nẵng (Dawaco), UBND TP Đà Nẵng đã quyết định cho thuê đất nhưng Sở TN&MT chưa ký hợp đồng thuê đất đối với ba thửa đất (diện tích hơn 1,3 ha), ký hợp đồng cho thuê đất tại Nhà máy nước Cầu Đỏ thiếu hơn 1,2 ha so với diện tích thực tế mà UBND TP cho Dawaco thuê sử dụng.
Ngoài ra, trong quá trình kiểm toán tại Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố Đà Nẵng có trường hợp Công ty CP Dược Trung ương 3 được Sở tham mưu cho UBND TP không đồng ý phương án sử dụng đất tại số 80 Trần Phú (để hợp tác kinh doanh khách sạn) do không phù hợp với ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp. Tuy nhiên thay vì tham mưu TP thu hồi đất thì Sở Tài nguyên và Môi trường tham mưu cho phép gia hạn thời gian thuê với mục đích làm văn phòng và cho thuê văn phòng. Ngay sau khi được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, doanh nghiệp đã chuyển nhượng quyền sử dụng cho cá nhân để hưởng lợi 4,5 tỷ đồng và cá nhân đã sử dụng khu đất để kinh doanh spa & nail.
Bên cạnh đó, việc xác định giá trị quyền sử dụng đất cũng có nhiều sai phạm. Cụ thể, việc xác định giá trị quyền sử dụng đất để tính vào giá trị doanh nghiệp khi cổ phần hóa tại Công ty TNHH MTV cảng Đà Nẵng (thửa hơn 1.000 m2 tại 26 Bạch Đằng) được tính giảm 20% (giảm 12,378 tỉ đồng) và Công ty TNHH MTV xuất nhập khẩu và phát hành phim VN (thửa hơn 1.200 m2 tại 79 Quang Trung, Q.Hải Châu) được xác định đơn giá đất có tính giảm 5% (giảm 2,122 tỉ đồng).
Từ những sai phạm nêu trên, kiểm toán Nhà nước kiến nghị UBND TP Đà Nẵng rút kinh nghiệm đối với các sai sót qua kết quả kiểm toán. Chấm dứt việc giảm đơn giá đất do diện tích lớn thiếu căn cứ khi phê duyệt đơn giá tính tiền sử dụng đất khi cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước.
Kiểm toán nhà nước đồng thời kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo UBND TP Đà Nẵng thanh tra làm rõ việc các doanh nghiệp chuyển nhượng lại đất cho tư nhân để xem xét trách nhiệm của cá nhân, tập thể có liên quan theo quy định pháp luật.