Bên cạnh những đóng góp tích cực trong điều hành chính sách tiền tệ và hoạt động ngân hàng của NHNN, trong báo cáo gửi Quốc hội mới đây, Kiểm toán Nhà nước còn chỉ ra những tồn tại của ngành ngân hàng (đến cuối năm 2017).
Theo Kiểm toán, một số TCTD tăng trưởng tín dụng vượt mức cho phép của NHNN. Các TCTD này bao gồm NHTM Cổ phần: Bảo Việt, Đông Nam Á, Nam Á, Đại Chúng, Việt Nam Thương tín (với tổng dư nợ vượt 6.988 tỷ đồng).
Ngoài ra, còn các TCTD vi phạm quy định về giới hạn góp vốn, mua cổ phần. Theo Kiểm toán Nhà nước, còn 05 TCTD (NHTM Cổ phần Hàng Hải, NHTM Cổ phần Ngoại thương Việt Nam, NHTM TNHH MTV Xây dựng Việt Nam, NHTM TNHH MTV Đại Dương, NH nông nghiệp) nắm giữ cổ phần của hơn 02 TCTD khác.
Kiểm toán cũng chỉ ra rằng VAMC chưa thực hiện vai trò trong việc mua nợ và xử lý nợ xấu. VAMC đã không thẩm định giá mua (giá mua bằng dư nợ trừ (-) dự phòng rủi ro do TCTD tự xác định); không kiểm tra, đánh giá khách hàng vay, tính trung thực, chính xác của hồ sơ, tài liệu và tài sản đảm bảo của khoản nợ...VAMC cũng xử lý nợ xấu sau khi mua chủ yếu thông qua việc ủy quyền lại cho các TCTD bán nợ.
Đáng lưu ý, Kiểm toán cho rằng hệ số an toàn vốn (CAR) toàn hệ thống chưa đáng tin cây. Loại trừ các ngân hàng yếu kém và các ngân hàng được NHNN mua 0 đồng; một số NHTM đầu tư trái phiếu chéo lẫn nhau, làm "cải thiện ảo" hệ số CAR; nhiều NHTM phân loại nợ không đúng làm ảnh hưởng đến lợi nhuận, tác động giảm hệ số CAR.
Các ngân hàng còn chậm quyết toán các chương trình hỗ trợ lãi suất. Đồng thời, chưa thu hồi nợ tồn đọng nhóm 2 và nợ có tính chất tồn đọng nhóm 2 để hoàn trả NSNN, đến 31/12/2017 là 108,22 tỷ đồng và 2,2 triệu USD, gồm: NHTM Cổ phần Đầu tư và Phát triển Việt Nam 40,03 tỷ đồng; NH nông nghiệp và phát triển nông thôn 30,95 tỷ đồng; NHTM Cổ phần Ngoại thương Việt Nam 1,01 tỷ đồng; NHTM Cổ phần Công Thương Việt Nam 36,23 tỷ đồng và 2,2 triệu USD.