Trên cơ sở đó, KTNN xác định nhiệm vụ kiểm toán Chương trình mục tiêu quốc gia (MTQG), các dự án quan trọng quốc gia và một số nhiệm vụ kiểm toán có quy mô toàn ngành, nhiều đơn vị cùng tham gia thực hiện.
Theo đó, KTNN chuyên ngành IV, V thực hiện kiểm toán tại các bộ, cơ quan Trung ương được giao chủ trì và một số địa phương, tối đa 13 địa phương/chương trình và không thay đổi địa phương trong cả giai đoạn…
Về kiểm toán hoạt động xây dựng và việc quản lý, sử dụng vốn đầu tư dự án quan trọng quốc gia, dự án có tính chất liên vùng: Dự án đường bộ cao tốc Bắc - Nam tuyến phía Đông (giai đoạn 1); Dự án đường bộ cao tốc Bắc - Nam tuyến phía Đông giai đoạn 2021-2025; Dự án tuyến đường vành đai 3 TPHCM; Dự án tuyến đường vành đai 4 TP. Hà Nội ; Bên cạnh đó là dự án tuyến đường cao tốc Châu Đốc - Cần Thơ - Sóc Trăng giai đoạn 1; Tuyến đường cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu giai đoạn 1; Dự án cao tốc Khánh Hòa - Buôn Ma Thuột giai đoạn 1…
Về kiểm toán các chuyên đề kiểm toán hoạt động gồm: Công tác lập, phân bổ vốn đầu tư chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội; việc thực hiện các chính sách đầu tư phát triển theo Nghị quyết số 43/2022/QH15; việc thực hiện chính sách hỗ trợ tiền thuê nhà cho người lao động có quan hệ lao động, đang ở thuê, ở trọ, làm việc trong các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu vực kinh tế trọng điểm.
Việc quản lý, sử dụng kinh phí đầu tư cho lĩnh vực y tế giai đoạn 3 năm (và cơ chế tự chủ tài chính trong lĩnh vực; việc mua sắm, quản lý thuốc, trang thiết bị, vật tư y tế); việc quản lý, sử dụng kinh phí đầu tư cho lĩnh vực giáo dục, đào tạo và dạy nghề giai đoạn 3 năm (và cơ chế tự chủ tài chính trong lĩnh vực; mua sắm trang thiết bị)… cũng nằm trong kế hoạch kiểm toán giai đoạn này.
Về kiểm toán nợ công gồm: Báo cáo nợ công hàng năm; Chuyên đề Công tác quản lý, sử dụng nợ công (việc huy động, phân bổ, sử dụng vốn vay, trả nợ, vay về cho vay lại, bảo lãnh Chính phủ theo Luật Quản lý nợ công tại Bộ Tài chính, các bộ, cơ quan trung ương và các địa phương).
Về kiểm toán các quỹ tài chính ngoài ngân sách Nhà nước: Việc quản lý, sử dụng các Quỹ tài chính Nhà nước ngoài ngân sách do Trung ương quản lý giai đoạn 2022-2023; việc quản lý, sử dụng các quỹ tài chính Nhà nước ngoài ngân sách do địa phương quản lý giai đoạn 2020-2022.
Về kiểm toán các dự án nhóm A: Bệnh viện Bạch Mai - cơ sở 2; Bệnh viện Việt Đức - cơ sở 2; Trung tâm Vũ trụ Việt Nam; Nâng cấp Trường Đại học Cần Thơ.
Trong giai đoạn này, KTNN cũng điều chỉnh kiểm toán chuyên đề “Việc quản lý, sử dụng kinh phí đầu tư cho ứng dụng công nghệ thông tin, chuyển đổi số trong hoạt động của cơ quan Nhà nước tại các bộ, cơ quan Trung ương, địa phương”, chuyển sang thực hiện kiểm toán chuyên đề “Việc đầu tư mua sắm, ứng dụng phần mềm công nghệ thông tin, các hoạt động thuê dịch vụ công nghệ thông giai đoạn 2020-2022” theo Nghị quyết số 74/2022/QH15 của Quốc hội về đẩy mạnh việc thực hiện chính sách, pháp luật về thực hành tiết kiệm, chống lãng phí.
Đồng thời, KTNN không kiểm toán chuyên đề việc thực hiện cơ cấu lại doanh nghiệp Nhà nước, trọng tâm là tập đoàn kinh tế, tổng công ty Nhà nước giai đoạn 2016-2020 do Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 360/QĐ-TTg ngày 17/3/2022 phê duyệt đề án “Cơ cấu lại doanh nghiệp Nhà nước trọng tâm là tập đoàn kinh tế, tổng công ty Nhà nước giai đoạn 2021-2025 (trên cơ sở đã đánh giá việc cơ cấu lại DNNN giai đoạn 20162-2020).
Tổng Kiểm toán Nhà nước giao Vụ Tổng hợp căn cứ KHKT trung hạn 2023-2025 để tham mưu Tổng Kiểm toán Nhà nước hướng dẫn xây dựng KHKT hằng năm, KHKT trung hạn 2024-2026.