Điểm a khoản 2 Điều 4 Nghị định 65/2013/NĐ-CP quy định điều kiện đầu tiên để được miễn thuế là tại thời điểm chuyển nhượng, cá nhân chỉ có quyền sở hữu, quyền sử dụng một nhà ở hoặc một thửa đất ở (bao gồm cả trường hợp có nhà ở hoặc công trình xây dựng gắn liền với thửa đất đó). Điểm b khoản 1 Điều 3 Thông tư 111/2013/TT-BTC hướng dẫn rằng: Việc xác định quyền sở hữu nhà ở, quyền sử dụng đất ở căn cứ vào Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất.
Điểm b khoản 2 Điều 4 Nghị định 65/2013/NĐ-CP quy định thời gian cá nhân có quyền sở hữu, quyền sử dụng nhà ở, đất ở tính đến thời điểm chuyển nhượng phải tối thiểu là 183 ngày.
Có 2 trường hợp miễn thuế TNCN khi chuyển nhượng đất, nhà ở được qui định chi tiết tại điều 3, thông tư số 111/2013/TT-BTC về thuế TNCN.
Cụ thể, thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản (bao gồm cả nhà ở hình thành trong tương lai, công trình xây dựng hình thành trong tương lai theo quy định pháp luật về kinh doanh bất động sản) giữa: vợ với chồng; cha đẻ, mẹ đẻ với con đẻ; cha nuôi, mẹ nuôi với con nuôi; cha chồng, mẹ chồng với con dâu; bố vợ, mẹ vợ với con rể; ông nội, bà nội với cháu nội; ông ngoại, bà ngoại với cháu ngoại; anh chị em ruột với nhau….được miễn thuế TNCN.
Để xin miễn thuế trong trường hợp này, người chuyển nhượng và người được chuyển nhượng phải chứng thực mối quan hệ ruột thị bằng hộ khẩu, hoặc nếu đã tách khẩu thì có thể xin giấy xác nhận của địa phương để bổ xung vào hồ sơ xin miễn thuế.
Trường hợp thứ hai là thu nhập từ chuyển nhượng nhà ở, quyền sử dụng đất ở và tài sản gắn liền với đất ở của cá nhân trong trường hợp người chuyển nhượng chỉ có duy nhất một nhà ở, quyền sử dụng đất ở tại Việt Nam....cũng được miễn thuế TNCN.
Luật cũng quy định rõ, để được miễn thuế TNCN khi bán một căn nhà duy nhất, chủ nhà phải hội đủ 3 điều kiện: Chỉ có duy nhất QSH một nhà ở hay QSD đất ở tại thời điểm chuyển nhượng; Có QSH nhà ở, QSD đất ở tính đến thời điểm chuyển nhượng tối thiểu là 183 ngày; Phải chuyển nhượng toàn bộ nhà ở, đất ở.
Ở trường hợp này, để được miễn thuế người chuyển nhượng phải làm thêm các thủ tục chứng minh mình chỉ có căn nhà duy nhất trong vòng 183 ngày. Thủ tục này thông thường sẽ là giấy cam kết chỉ có một căn nhà duy nhất và người viết giấy sẽ hoàn toàn chịu trách nhiệm với lời khai của mình và bên dưới có dấu xác nhận của chính quyền địa phương nơi cư trú.
Quy định tưởng chừng rất cụ thể nhưng trên thực tế để người dân được miễn khoản thuế TNCN khi bán căn nhà duy nhất là cả một chặng đường đầy khó khăn. Có rất nhiều người phải từ bỏ, tặc lưỡi nộp khoản thuế oan vì cứ phải chạy đi chạy lại với những thủ tục rắc rối.
Cách đây không lâu vợ chồng chị Lan quyết định bán căn nhà ở Đông Anh, Hà Nội để mua một căn hộ chung cư tại Linh đàm. Sau khi làm xong thủ tục công chứng với bên mua chị Lan mang hồ sơ đến Phòng Tài nguyên và môi trường của huyện để kê khai và nộp các khoản thuế cho nhà nước. Chị Lan đã hỏi cán bộ tiếp nhận hồ sơ ở Phòng Tài nguyên môi trường và được họ giới thiệu tới Chi cục thuế của huyện.
Sang Chi cục thuế, chị Lan tiếp tục được cán bộ thuế hướng dẫn là phải làm một bản cam kết có xác nhận của chính quyền xã trong đó phải ghi rõ nội dung: Yêu cầu xác nhận căn nhà trong hồ sơ là căn nhà duy nhất và có quyền sở hữu nhà ở, quyền sử dụng đất ở tính đến thời điểm chuyển nhượng tối thiểu là 183 ngày và cam kết chuyển nhượng toàn bộ nhà ở, đất ở. Hồ sơ kèm theo còn có sổ hộ khẩu, giấy chứng nhận quyền sử dụng đất công chứng thì họ sẽ làm thủ tục miễn thuế TNCN cho chị.
Nhưng khi chị Lan mang bản cam kết với nội dung như trên tới UBND xã để xin xác nhận. Tuy nhiên, tại đây họ không xác nhận cho chị và nói rằng họ chỉ xác nhận vợ chồng chị là người dân ở xã và đang có hộ khẩu thường trú tại đây còn nội dung trên họ cương quyết không xác nhận với lý do làm sao họ biết được chị có 1 căn nhà duy nhất hay không...
Trường hợp của chị Lan chỉ là một ví dụ điển hình, trên thực tế có rất nhiều người cũng rơi vào cảnh ngộ tương tự. Việc chứng minh mảnh đất là sở hữu duy nhất cho đến nay vẫn chưa có một quy định cụ thể nào vì có rất nhiều trường hợp khác nhau. Chính vì vậy tùy từng địa phương, chi cục thuế sẽ có những yêu cầu khác nhau, đôi khi người đi nộp thuế tự cam kết.