Theo cáo trạng, ngày 2/12/2002 UBND tỉnh Khánh Hòa ban hành quyết định phê duyệt quy hoạch chi tiết khu dân cư phía Tây đường Lê Hồng Phong, TP Nha Trang với tổng diện tích 229 hecta. Dự án khu dân cư số 2 (thuộc một phần diện tích khu vực quy hoạch chi tiết Khu dân cư phía Tây đường Lê Hồng Phong) được phê duyệt quy hoạch chi tiết vào ngày 29/4/2004.
Qua nhiều lần thay đổi thông tin về dự án, ngày 14/2/2005, UBND tỉnh Khánh Hòa có văn bản chấp thuận đầu tư Dự án Khu đô thị Hoàng Long với tổng diện tích 25,794 hecta; tiến độ thực hiện dự án gồm 2 giai đoạn: Giai đoạn năm 2012-2013 (triển khai giải phóng mặt bằng…), giai đoạn 2014-2015 (xây dựng hạ tầng kỹ thuật hoàn chỉnh và triển khai kinh doanh). Chủ đầu tư dự án Khu đô thị Hoàng Long là Công ty TNHH MTV Đầu tư xây dựng và địa chất UPGC.
Tổ chức làm nhiệm vụ giải phóng mặt bằng của Dự án khu đô thị Hoàng Long là Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dự án khu đô thị Hoàng Long được thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật đất đai; theo Quyết định của UBND tỉnh Khánh Hòa ban hành quy định chi tiết một số nội dung về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư khi Nhà nước thu hồi đất trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa; theo các Quyết định thành lập, kiện toàn Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư.
Trong giai đoạn 2014-2016 Hội đồng được thành lập theo Quyết định của UBND TP Nha Trang về việc kiện toàn Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư, gồm 11 thành viên, ông Lê Huy Toàn – Phó Chủ tịch UBND TP Nha Trang tiếp tục làm chủ tịch hội đồng.
Bị cáo Hạnh, Khánh và Vinh tại tòa.
Theo các quyết định của UBND TP Nha Trang, Tổ công tác giúp việc Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư được thành lập, bổ sung kiện toàn nhiều lần.
Trong giai đoạn 2014-2016 UBND TP Nha Trang ban hành quyết định thành lập tổ công tác giúp việc Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư gồm 7 thanh viên: Đỗ Thế Vinh là tổ trưởng, các thành viên là: Nguyễn Ngọc Khánh (nhân viên Công ty TNHH MTV Đầu tư xây dựng và địa chất UPGC), Võ Đức Cường (Cán bộ địa chính phường Phước Long), Huy Tôn Hạnh (đại diện hộ dân), Châu Trần Thái Huyền (Cán bộ Phòng Tài nguyên & Môi trường TP Nha Trang), Võ Mỹ (Cán bộ Phòng Quản lý Đô thị TP Nha Trang), Lương Như Giáp (Cán bộ Phòng tài chính kế hoạch TP Nha Trang).
Tổ công tác giúp việc cho Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dự án khu đô thị Hoàng Long có một số nhiệm vụ cụ thể được quy định trong các quyết định được thành lập, kiện toàn tổ công tác: "Trực tiếp làm việc với các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân có liên quan đến công tác giải tỏa nhằm xác định khối lượng giải tỏa. Thu thập các giấy tờ chứng minh quyền sở hữu nhà, quyền sử dụng đất, các công trình kiến trúc, hoa màu, cây lâu năm (thành quả lao động trên đất) và các tài sản khác trên phần diện tích đất giải tỏa thực hiện dự án.
Xác định diện tích đất giải tỏa đối với từng cá nhân, hộ gia đình, tổ chức đang sử dụng đất thuộc khu vực. Lập phương án tổng thể và phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư chi tiết đối với từng trường hợp cụ thể để trình Hội đồng bồi thường, hỗ trợ và tái định cư xét duyệt.
Tham mưu giải quyết đơn thư khiếu nại, kiến nghị, thực hiện các công việc khác liên quan đến công tác giải tỏa theo sự chỉ đạo của Hội đồng bồi thường, hỗ trợ và tái định cư".
Ngày 24/8/2010 UBND TP Nha Trang ra quyết định phê duyệt phương án tổng thể bồi thường, hỗ trợ tái định cư, dự kiến số tiền bồi thường hỗ trợ là 313 tỷ đồng và được thực hiện trong 5 đợt.
Việc hợp thức hóa hồ sơ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư xảy ra bắt đầu từ năm 2014, khi dự án Hoàng Long bắt đầu triển khai lại và tập trung vào các trường hợp xét cấp tái định cư. Lợi dụng nhiệm vụ, quyền hạn được giao trong tổ công tác, giúp việc Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và sự thiếu trách nhiệm của các thành viên khác trong tổ, Vinh, Khánh nhân viên Công ty TNHH MTV Đầu tư xây dựng và địa chất UPGC, tham gia tổ công tác giúp việc với tư cách đại diện chủ đầu tư, Hạnh – Tổ trưởng tổ dân phố 3, Phước Tín, tham gia tổ công tác giúp việc với tư cách đại diện cho các hộ dân, đã nhiều lần làm sai lệch nội dung các giấy tờ, tài liệu trong các hồ sơ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dẫn đến việc bồi thường; hỗ trợ tái định cư sai đối tượng, sai diện tích.
Vinh và Khánh đã nhiều lần hướng dẫn cho người dân hoặc tự mình hợp thức hóa các hồ sơ ban đầu như sử dụng tài liệu giả là các Phiếu tạm thu tiền phí, quỹ ("Phiếu tạm thu tiền quỹ an ninh trật tự", "Phiếu tạm thu tiền phí lao động công ích", "Phiếu tạm thu tiền quỹ đền ơn đáp nghĩa", "Phiếu tạm thu tiền phí phòng chống thiên tai"); tẩy xóa, sửa chữa hoặc lập mới giấy tờ mua bán nhà đất viết tay, ghi lùi ngày….
Để hợp thức hóa thành bộ hồ sơ hoàn chỉnh đủ điều kiện để được xét cấp đất tái định cư. Nội dung thông tin trong bộ hồ sơ là không đúng thực tế: Về chủ sử dụng đất (mượn tên người khác); về thời điểm bắt đầu sinh sống, quá trình sinh sống, nguồn gốc đất, quá trình sử dụng đất, thời điểm xây dựng công trình (ghi lùi ngày về trước thời điểm 2/12/2002 – Cột mốc để được xét duyệt cấp đất tái định cư hay không); về diện tích của mỗi thửa đất (từ một thửa lớn tách ra thành nhiều thửa nhỏ).
Việc hợp thức hóa hồ sơ là nhằm mục đích được xét duyệt cấp đất tái định cư. Cụ thể: Vinh, Khánh đã làm khống các hồ sơ tách thửa, như hồ sơ Lê Văn Cang, Hồ Ngọc Phi Công, Nguyễn Đức Hùng - Nguyễn Thị Hạnh, Nguyễn Thị Thu Hà – Nguyễn Dũng, Trần Thị Kim Anh – Mai Hữu Hoàng, Ngụy Tôn Đán (tách ra từ một phần nhà đất thực tế, liền khối của Huy Tôn Hạnh); hoặc các trường hợp hiện trạng không có nhà mà lập thành hồ sơ có nhà ở, nh trường hợp các hộ: Trần Thị Thu Giang, Lê Văn Tú, Mai Hữu Hoàng.
Do mối quan hệ quen biết với Hạnh, cùng làm công tác đền bù giải tỏa dự án Hoàng Long, Vinh, Khánh đã cùng với Hạnh lập khống, làm sai lệch các hồ sơ đứng tên người thân của Hạnh (gồm hồ sơ: Ngụy Tôn Đán, Trần Thị Khá, Châu Minh Kỳ, Thân Văn Vệ) để Hạnh được cấp nhiều suất tái định cư.
Ngoài ra, cá nhân Vinh đã tự hợp thức hóa hồ sơ ban đầu đứng tên người thân của mình (Nguyễn Thị Ái Mỹ - vợ của Vinh) để được cấp tái định cư.
Vì Khánh và Vinh đã giúp cho Hạnh làm nhiều hồ sơ tái định cư, nên Hạnh cũng tạo điều kiện cho Vinh, Khánh hợp thức hóa tất cả các hồ sơ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư bằng cách ký xác nhận toàn bộ các tài liệu mà Hạnh có tên trong thành phần tham gia (Biên bản kiểm kê khối lượng bồi thường giải tỏa, Biên bản xác minh), Hạnh thống nhất ý kiến xét duyệt về nguồn gốc đất và quá trình sinh sống (mặc dù biết rõ người đứng tên hồ sơ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư không phải là người dân thực tế sinh sống tại địa phương) đối với từng trường hợp đưa ra xét duyệt tại cuộc họp do UBND phường Phước Long tổ chức, cũng như tại cuộc họp của Hội đồng bồi thường, hỗ trợ, tái định cư dự án Hoàng Long gây thất thoát ngân sách Nhà nước vì bồi thường, hỗ trợ không đúng đối tượng.
Việc lập khống hồ sơ bồi thường, hỗ trợ, tái định cư đều được Vinh và Khánh thông báo cho Võ Đức Cường – Cán bộ địa chính phường Phước Long biết. Khi Cường đồng ý thì Vinh và Khánh sẽ hợp thức hóa hồ sơ ban đầu để Cường ký vào vì nếu không các hồ sơ này sẽ bị phát hiện ở các giai đoạn sau.
Đối với Cường và các thành viên khác trong tổ đã được xử lý trong một vụ án khác, và mới đây đã được TAND Cấp cao tại Đà Nẳng cho tất cả các đối tượng này được hưởng án treo. Đối với hành vi làm giả các "Sổ đăng ký tạm trú có thời hạn", cơ quan CSĐT Công an tỉnh Khánh hòa đã khởi tố, điều tra về tội "Làm giả tài liệu của Cơ quan tổ chức" trong một vụ án khác, nên không xem xét trong vụ án này.