Theo Nghị định số 94/2020/NĐ-CP, Trung tâm Đổi mới Sáng tạo quốc gia (sau đây gọi tắt là Trung tâm) sẽ được thuê đất trong thời hạn 50 năm trong các khu công nghệ cao và được miễn toàn bộ tiền thuê đất cho cả thời hạn thuê.
Đối với cơ sở Trung tâm tại Khu Công nghệ cao Hòa Lạc, ưu đãi miễn tiền sử dụng hạ tầng cho diện tích đất được thuê nằm trong khu vực phải trả tiền sử dụng hạ tầng đối với các công trình kỹ thuật do nhà nước đầu tư; miễn toàn bộ kinh phí bồi thường, giải phóng mặt bằng, hỗ trợ, tái định cư; ngân sách nhà nước hỗ trợ toàn bộ kinh phí san lấp mặt bằng của dự án đầu tư cơ sở Trung tâm.
Trung tâm được tiếp nhận vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA) không hoàn lại để thực hiện các nhiệm vụ không thường xuyên theo quy định của pháp luật về sử dụng vốn ODA không hoàn lại để thực hiện các nhiệm vụ không thường xuyên theo quy định của pháp luật về sử dụng vốn ODA không hoàn lại.
Trung tâm được tiếp nhận viện trợ phi chính phủ nước ngoài, tài trợ, tặng cho của các tổ chức, cá nhân trong nước để đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, chi thường xuyên, hỗ trợ hoạt động và công tác quản lý, vận hành của Trung Tâm.
Trung tâm được miễn thuế hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định, hàng hóa nhập khẩu sử dụng trực tiếp cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ, phát triển hoạt động ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp khoa học và công nghệ, đổi mới công nghệ theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.
Cơ sở Trung tâm tại Khu Công nghệ cao Hòa Lạc được hưởng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong 30 năm đầu tiên có doanh thu, miễn thuế trong 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp không quá 9 năm tiếp theo kể từ khi có thu nhập chịu thuế. Cơ sở này cũng được miễn thuế nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa bắt đầu sản xuất được nhập khẩu để sản xuất trong thời 5 năm, kể từ khi bắt đầu sản xuất.
Doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo hoạt động tại Trung tâm khi tham gia đấu thầu các gói thầy thuộc phạm vi điều chỉnh của Luật Đấu thầu được miễn một số tiêu chí đánh giá hồ sơ dự tuyển, hồ sơ dự thầu, hồ sơ đề xuất về năng lực, kinh nghiệm của nhà thầu, bao gồm yêu cầu về doanh thu, nguồn lực tài chính, hợp đồng tương tự và các yêu cầu khác để phù hợp với đặc thù của doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo.
Khi đánh giá, xếp hạng hồ sơ dự thầu, hồ sơ đề xuất, nhà thầu là doanh nghiệp nhỏ khởi nghiệp sáng tạo, doanh nghiệp siêu nhỏ khởi nghiệp sáng tạo hoạt động tại Trung tâm được tính ưu đãi như đối với trường hợp nhà thầu cung cấp hàng hóa có chi phí sản xuất trong nước chiếm tỷ lệ 25% trở lên theo quy định của pháp luật về đấu thầu, cách tính ưu đãi thực hiện theo quy định hiện hành của Chính phủ về lựa chọn nhà thầu.
Cá nhân khởi nghiệp sáng tạo, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo hoạt động tại Trung tâm và các đối tác đổi mới sáng tạo của Trung tâm được Trung tâm hỗ trợ thực hiện các thủ tục hành chính trong quá trình nghiên cứu, đầu tư kinh doanh và thương mại hóa sản phẩm dịch vụ; thực hiện thủ tục về thị thực nhập cảnh, giấy phép lao động, cư trú; quảng bá, xúc tiến đầu tư và kết nối với hệ sinh thái khởi nghiệp, đổi mới sáng tạo; văn phòng làm việc và sử dụng phòng thí nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định và các phương tiện, tiện ích khác của Trung tâm.
Cá nhân khởi nghiệp sáng tạo, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo hoạt động tại Trung tâm khi đăng ký thành lập doanh nghiệp được cấp đăng ký doanh nghiệp trong thời hạn 1 ngày làm việc, kể từ ngày Phòng đăng ký kinh doanh nhận được hồ sơ đăng ký doanh nghiệp hợp lệ; được ưu tiên thực hiện thủ tục xác lập quyền sở hữu công nghiệp trước thời hạn khi có yêu cầu.
Cá nhân khởi nghiệp sáng tạo, doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo hoạt động tại Trung tâm cũng được huy động và nhận tài trợ từ các chương trình tài trợ nghiên cứu của Chính phủ và các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài theo quy đinh của pháp luật để thực hiện ý tưởng trên cơ sở khai thác tài sản trí tuệ, công nghệ, mô hình kinh doanh mới và có khả năng tăng trưởng nhanh; được hưởng các ưu đãi cao nhất về thuế được quy định tại pháp luật về thuế.