Kiểm toán Nhà nước đã trình ra Quốc hội Báo cáo Kiểm toán Quyết toán ngân sách Nhà nước, trong đó chỉ rõ sai phạm của nhiều doanh nghiệp, dự án có vốn nhà nước. Trong đó, TKV được nhiều lần "xướng tên" trong báo cáo.
Kết quả của Kiểm toán Nhà nước cho biết Tập đoàn TKV đã thực hiện không đúng quy hoạch ngành. Theo đó, Dự án Tổ hợp Bauxit - Nhôm Lâm Đồng TKV phê duyệt điều chỉnh với công suất từ 600.000 tấn/năm lên 650.000 tấn/năm không đúng với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ và không đúng với quy hoạch ngành.
Dự án này cũng bị Kiểm toán nhà nước cho rằng Tập đoàn đã áp dụng lựa chọn nhà thầu không đúng quy định và ký kết hợp đồng vượt giá trị gói thầu, ký giá trị hợp đồng EPC (Hợp đồng thiết kế, cung cấp thiết bị công nghệ và thi công xây dựng công trình - Engineering Procurement and Construction) vượt tổng mức đầu tư. Theo đó, hợp đồng EPC nhà máy Alumin 466 triệu USD nhưng tổng mức đầu tư dự án chưa được điều chỉnh tại thời điểm đó là 6.220 tỷ đồng tương đương 387,5 triệu USD.
TKV cũng đã ký kết hợp đồng không đúng quy định. Cụ thể, Dự án tổ hợp bauxit - nhôm Lâm Đồng ký hợp đồng EPC vượt giá gói thầu làm tăng chi phí đầu tư 113 triệu USD.
TKV cũng đã ký hợp đồng khi chưa có kế hoạch đấu thầu được duyệt tại Dự án khai thác hầm lò mỏ Khe Chàm III (gói thầu số 1), Dự án đầu tư khai thác phần lò giếng mức +00 -:- -175 Khu Vàng Danh – Mỏ than Vành Danh (gói thầu Đường lò khai thông).
Tập đoàn ký hợp đồng khác với hình thức hợp đồng theo kế hoạch đấu thầu được duyệt tại gói thầu Lập dự án đầu tư khai thác HLXS dưới mức -35 thuộc dự án Khai thác hầm lò xuống sau dưới mức -35 khu Lộ Trí – Công ty than Thống Nhất – TKV và Gói thầu số 36 thuộc dự án khai thác xuống sâu dưới mức -50 mỏ than Ngã Hai – Công ty than Quang Hanh – TKV.
Kiểm toán Nhà nước cũng chỉ ra tiềm ẩn nguy cơ mất toàn bộ vốn đầu tư khi Tập đoàn này đầu tư ra nước ngoài ở một số dự án. Cụ thể, dự án khai thác và chế biến muối mỏ tại khu vực bản Đông Doc Mai, huyện Chăm Pon, tỉnh Savanakhet, Lào đã chi cho dự án 37,9 tỷ đồng nhưng do công tác thăm dò không đảm bảo tiến độ dẫn đến Chính phủ Lào không thể gia hạn thêm thời gian thực hiện dự án.
Dự án khảo sát thăm dò khoáng sản sắt tại Campuchia TKV đã xin chủ trương giải thể công ty, trả lại dự án cho Chính phủ Campuchia, số tiền đã chi cho dự án 92,98 tỷ đồng.
Dự án khảo sát thăm dò khoáng sản Crom - Antimon tại tỉnh Pousat, Campuchia TKV đã góp vốn 4,4 triệu USD. Tuy nhiên, quặng Crom và quặng antimon không đạt chỉ tiêu công nghiệp để thực hiện khai thác. Thủ tướng Chính phủ có văn bản số 7540/VPCP-QHQT ngày 26/10/2011 đồng ý chủ trương dừng triển khai dự án.
Và dự án Khu liên hợp gang thép Lào Cai đã dừng thực hiện nhưng chưa quyết định dừng dự án, chi phí đã đầu tư 118 tỷ đồng.
Bên cạnh đó, TKV có 76 dự án chậm tiến độ, chiếm 47% tổng số dự án nhóm A, B (76/161), một số dự án chậm từ 6 – 7 năm. Hầu hết các dự án Tập đoàn này cũng bị Kiểm toán Nhà nước nhận xét chậm quyết toán dự án hoàn thành.