Công trình được đưa vào sử dụng ngày 31/12/2013, nhưng đến tháng 1/2018, chủ đầu tư chưa phê duyệt kế hoạch bảo trì công trình do Tư vấn thiết kế lập, vi phạm Khoản 1 Điều 7 Nghị định số 114/2010/NĐ-CP ngày 6/12/2010 của Chính phủ. Trách nhiệm thuộc về Tổng Công ty Du lịch Sài Gòn - TNHH MTV.
Công trình đưa vào sử dụng được 4 năm (từ tháng 1/2014 - 1/2018), nhưng chủ đầu tư chưa quyết toán vốn đầu tư xây dựng công trình, vi phạm Khoản 3 Điều 30 Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 (nay là Khoản 3 Điều 29 Nghị định số 32/2015/NĐ-CP ngày 25/3/2015 của Chính phủ). Trách nhiệm thuộc về Tổng công ty Du lịch Sài Gòn - TNHH MTV và các phòng, ban chức năng có liên quan.
Đối với công tác quản lý chất lượng công trình, đại diện giám sát của chủ đầu tư đã nghiệm thu công việc mà trong biên bản nghiệm thu sử dụng tiêu chuẩn xây dựng đã hết hiệu lực hoặc đã bị thay thế để làm căn cứ để nghiệm thu. Tại các gói thầu: Phá dỡ, xây dựng, cải tạo gia cường móng - Kết cấu móng; thi công hệ thống M&E - Xây lắp và hoàn thiện; cung cấp và lắp đặt thiết bị đồ mộc; cung cấp và lắp đặt thiết bị vệ sinh, vi phạm Khoản 2 Điều 6 Luật Xây dựng 2003.
Nhà thầu thi công gói thầu hoàn thiện đá Marble và Granite không tổ chức kiểm tra an toàn lao động, vệ sinh môi trường của công trường, không có chứng chỉ an toàn lao động của cán bộ kỹ thuật phụ trách, không tổ chức tập huấn, huấn luyện an toàn cho cán bộ kỹ thuật và công nhân, vi phạm Điểm đ Khoản 1 Điều 19 Nghị định 209/2004/NĐ-CP của Chính phủ.
Về công tác nghiệm thu, thanh, quyết toán, một số gói thầu nghiệm thu khối lượng sai tăng so với thực tế. Tại các gói thầu: Phá dỡ, xây dựng, cải tạo gia cường móng - Kết cấu móng; thi công hệ thống M&E - Xây lắp và hoàn thiện; hoàn thiện đá Marble và Granite, vi phạm Điều 29 Nghị định số 12/2009/NĐ-CP ngày 12/2/2009 của Chính phủ.
Với những sai sót, tồn tại đã được chỉ ra trong Kết luận thanh tra và Báo cáo kết quả thanh tra, Thanh tra Bộ Xây dựng yêu cầu Tổng công ty Du lịch Sài Gòn - TNHH MTV tổ chức thẩm định, phê duyệt quy trình bảo trì dự án theo quy định;
Khẩn trương quyết toán vốn đầu tư dự án theo quy định tại Khoản 3 Điều 30 Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 của Chính phủ (nay là Khoản 3 Điều 29 Nghị định số 32/2015/NĐ-CP ngày 25/3/2015 của Chính phủ);
Chỉ đạo người đại diện phần vốn tại Công ty CP Du lịch - Dịch vụ - Thương mại Phú Thọ đẩy nhanh tiến độ dự án theo Quyết định phê duyệt dự án đầu tư xây dựng Khách sạn Sài Gòn - Phú Thọ.
Yêu cầu Tổng công ty Du lịch Sài Gòn - TNHH MTV chỉ đạo các phòng, ban có liên quan kiểm điểm trách nhiệm trong công tác quản lý đầu tư xây dựng tại dự án cải tạo, nâng cấp khu Tây Khách sạn Rex.
Đối với các nhà thầu đã để xảy ra một số vi phạm trong quá trình tham gia thực hiện dự án: Chủ đầu tư căn cứ theo quy định về trách nhiệm và nghĩa vụ tại hợp đồng kinh tế, chỉ đạo các nhà thầu kiểm tra rà soát, chấn chỉnh và thực hiện theo các quy định của pháp luật về công tác thiết kế; tư vấn giám sát; quản lý chất lượng công trình; nghiệm thu và thanh toán.
Thanh tra Bộ Xây dựng yêu cầu Tổng Công ty Du lịch Sài Gòn - TNHH MTV giảm trừ số tiền trên 760 triệu đồng trước khi quyết toán hợp đồng với các nhà thầu thi công tại dự án.
Trong đó, giảm trừ số tiền trên 511 triệu đồng tại gói thầu thi công hệ thống M&E - Xây lắp và hoàn thiện, do Cty TNHH Xây dựng và Thương mại Bách Chiến thực hiện;
Giảm trừ số tiền gần 249 triệu đồng tại gói thầu hoàn thiện đá Marble và Granite, do Cty TNHH PADO thực hiện.
Thu hồi số tiền gần 234 triệu đồng của Chi nhánh Cty TNHH Liên doanh xây dựng VIC thực hiện Hợp đồng thi công xây dựng số 72/HĐ-SGTR-VIC ngày 26/12/2011, nộp về tài khoản tạm giữ của Thanh tra Bộ Xây dựng.