Theo UBND huyện Hoa Lư, thiếu kinh phí đang là khó khăn lớn nhất trong việc việc triển khai dự án. Dự án thực hiện trên phạm vi rộng, qua nhiều khu dân cư và đòi hỏi phải di chuyển hàng nghìn ngôi mộ từ các nghĩa trang tập trung và không tập trung. Địa phương không những phải xây dựng 5 khu tái định cư mà còn phải bố trí thêm vốn để mở rộng lòng sông như trước khi bị người dân lấn chiếm.
Bà Nguyễn Thị Thanh, Bí thư Tỉnh ủy Ninh Bình thừa nhận rằng, trình trạng "vẽ" dự án nhỏ ban đầu để lọt vào danh sách, sau khi được phê duyệt thì tìm cách để dự án nở to ra. Chủ đầu tư có trách nhiệm chính, nhưng các cơ quan cũng có trách nhiệm liên quan.
Tại phiên thảo luận về tình hình kinh tế - xã hội năm 2017 ngày 25/5, Đại biểu Nguyễn Hữu Cầu đã coi dự án ở Ninh Bình như một ví dụ cụ thể về thực trạng xây dựng cơ bản được cử tri phản ánh.
Đại biểu Nguyễn Anh Trí cho rằng, dự án nạo vét, cải tạo sông Sào Khê cho thấy hiện tượng "đầu voi, đuôi chuột" trong quản lý, sử dụng vốn, tài sản của nhà nước.
Theo ông Bùi Văn Phương, Ủy viên Ủy ban Tài chính, Ngân sách của Quốc hội, có khoảng 1.400 tỷ đồng từ ngân sách nhà nước được dành đầu tư vào dự án nạo vét, cải tạo sông Sào Khê. Số vốn còn lại của doanh nghiệp và các nguồn vốn khác. Dự án được điều chỉnh lại tổng mức đầu tư với 4 mục tiêu: sản xuất nông nghiệp, tôn tạo cố đô Hoa Lư, phục vụ cho giao thông thủy, phục vụ cho các công trình để phát triển du lịch. Việc nạo vét sông Sào Khê cũng giúp tôn tạo cố đô Hoa Lư và là nền tảng để Tràng An được UNESCO công nhận là di sản thế giới.
Ông Trương Trọng Nghĩa, Đoàn Đại biểu Quốc hội thành phố Hồ Chí Minh cho rằng, dự án kéo dài bị kéo dài là không có hiệu quả. Việc này tác động ngược trở lại, tạo nên gánh nặng cho nền kinh tế. Vì vậy, khi dự án đội vốn và kéo dài thì không có hiệu quả.
Đại biểu Nguyễn Anh Trí cho rằng 1.400 tỷ đồng có thể giải quyết được nhiều việc, trong khi người dân ở Tây Bắc còn không có cơm ăn. Tây Bắc, Tây Nam cũng là nơi có điều kiện giao thông không thuận lợi và đang rất cần đầu tư đường xá.