Theo Phụ lục đính kèm Quyết định, trong lần kiểm tra này, Kiểm toán Nhà nước sẽ tiến hành kiểm toán chuyên đề một số nội dung, như:
Đánh giá hiệu quả của các chính sách ưu đãi đầu tư tại các khu kinh tế: Đình Vũ - Cát Hải, Chu Lai, Phú Quốc, Nhơn Hội, Vân Đồn, Định An, Chân Mây - Lăng Cô, Vũng Áng, Đông Nam Nghệ An, Dung Quất, Nam Phú Yên, Nghi Sơn, Năm Căn và Vân Phong.
Công tác quản lý nợ công năm 2017 tại Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Ngân hàng nhà nước và Ngân hàng Phát triển Việt Nam.
Việc quản lý và sử dụng nguồn vốn ODA giai đoạn 2015-2017 tại Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, Bộ Giao thông vận tải, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Xây dựng, Bộ Y Tế, Bộ Giáo dục và Đào tạo; Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch.
Dự án Phát triển cơ sở hạ tầng du lịch hỗ trợ cho tăng trưởng toàn diện khu vực tiểu vùng sông Mê Kông mở rộng 2014-2017.
Chương trình mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội các vùng theo Nghị quyết số 73/NQ-CP ngày 26/8/2016 của Chính phủ.
Hoạt động đầu tư xây dựng và hiệu quả đầu tư dự án của Tổng công ty Truyền tải điện Quốc gia và 05 Tổng công ty điện lực kinh doanh điện năng thuộc Tập đoàn Điện lực Việt Nam.
Việc quản lý và sử dụng Quỹ bảo hiểm Y tế tại Tp. Hà Nội, Hải Phòng, Đà Nẵng, Hồ Chí Minh, Cần Thơ; các tỉnh Hà Giang, Cao Bằng, Lào Cai, Sơn La, Hòa Bình, Thái Nguyên, Quảng Ninh, Phú Thọ, Vĩnh Phú, Bắc Ninh, Thái Bình, Nam Định, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Thừa Thiên Huế, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa, Bình Thuận, Gia Lai, Đắk Lắk, Lâm Đồng, Bình Phước, Bình Dương, Đồng Nai, Bà Rịa - Vũng Tàu, Long An, Tiền Giang, Bến Tre, An Giang, Kiên Giang, Sóc Trăng, Bạc Liêu.
Việc xác định giá trị doanh nghiệp, thực hiện cổ phần hóa DNNN thuộc thẩm quyền quản lý của UBND thành phố Hà Nội giai đoạn 2013-2017…
Cạnh đó, nhiều dự án BOT, BT cũng được Kiểm toán Nhà nước triển khai thanh kiểm tra trong năm 2018, bao gồm:
Dự án đầu tư xây dựng công trình cầu Việt Trì – Ba Vì nối Quốc lộ 32 với Quốc lộ 32C, dự án đường cao tốc Trung Lương – Mỹ thuận giai đoạn 1, dự án cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 18 đoạn Bắc Ninh – Uông Bí theo hợp đồng BOT.
Dự án đầu tư xây dựng hầm đường bộ qua đèo Cả - Quốc lộ 1, tỉnh Phú Yên và Khánh Hoà theo hình thức BOT và BT.
Dự án nâng cấp, mở rộng tuyến tránh thành phố Bảo Lộc (thuộc Dự án đầu tư xây dựng công trình khôi phục, cải tạo QL20 đoạn Km0+000 - Km123+105,17 trên địa phận hai tỉnh Đồng Nai và tỉnh Lâm Đồng theo hình thức hợp đồng BT); Xây dựng nút giao Dầu Giây và mở rộng đoạn tuyến Km0+300 đến Km1+877 QL20 (thuộc Dự án đầu tư xây dựng công trình khôi phục, cải tạo QL20 đoạn Km0+000 - Km123+105,17 trên địa phận hai tỉnh Đồng Nai và tỉnh Lâm Đồng theo hình thức hợp đồng BT).
Dự án Mở rộng QL1A đoạn Km368+400 (Nghi Sơn) - Km402+330 (Cầu Giát), tỉnh Thanh Hóa và Nghệ An theo hình thức Hợp đồng BOT (bao gồm các hạng mục bổ sung) và Dự án Đầu tư xây dựng công trình nút giao khác mức tại điểm giao cắt QL48 với QL1 và đường sắt Bắc Nam theo hình thức Hợp đồng BOT
Dự án phân kỳ đầu tư giai đoạn 1 - Xây dựng công trình đường Hồ Chí Minh La Sơn - Túy Loan, tỉnh Thừa Thiên Huế và thành phố Đà Nẵng theo hình thức hợp đồng BT.
Dự án Cầu Bạch Đằng, đường dẫn và nút giao thông cuối tuyến; dự án Đường cao tốc Hạ Long – Vân Đồn và cải tạo, nâng cấp Quốc lộ 18 đoạn Hạ Long – Mông Dương; Dự án Đầu tư xây dựng Cảng hàng không Quảng Ninh theo hình thức BOT.