Trong vụ án đặc biệt nghiêm trọng này, ông Đinh La Thăng, nguyên Chủ tịch HĐTV PVN bị truy tố về tội cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng.
Theo cáo trạng, từ năm 2008 – 2012, PVC do Trịnh Xuân Thanh là Chủ tịch HĐQT và Vũ Đức Thuận là Tổng giám đốc đã thi công 67 công trình. PVC trực tiếp thi công 20 công trình, trong đó có 12 công trình có dòng tiền mất cân đối do chi phí phát sinh ngoài hợp đồng.
Năm 2010, PVC góp vốn vào 46 công ty với tổng giá trị đầu tư tài chính là 3.147 tỷ đồng. Năm 2011, PVC tiếp tục góp vốn đầu tư (cũ và mới) vào 43 đơn vị với tổng giá trị gần 3.500 tỷ đồng.
Do đó, tổng mức đầu tư tài chính vượt gần 1.000 tỷ đồng so với vốn điều lệ, làm mất cân đối dòng tiền đầu tư của PVC. Bắt đầu từ năm 2011, PVC phải trích lập dự phòng tài chính cho các khoản đầu tư vào các công ty và đầu tư tài chính dài hạn khác.
Ngày 13/04/2010, để tạo điều kiện cho PVC, ông Đinh La Thăng gửi Thủ tướng Chính phủ đề xuất đưa Dự án Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2 (NMNĐ Thái Bình 2) vào danh mục dự án mà PVN thực hiện trong năm đó và PVN được quyết định hình thức lựa chọn nhà thầu.
Dự án NMNĐ Thái Bình 2 do PVPower thuộc PVN làm chủ đầu tư, tổng mức đầu tư sau thuế tính theo mặt bằng giá quý II/2010 là hơn 31,5 nghìn tỷ đồng -, tương đương gần 1,7 tỷ USD (tỷ giá thời điểm tính là 18.544 VNĐ/USD).
Thủ tướng có văn bản ghi rõ yêu cầu “chỉ định thầu Dự án NMNĐ Thái Bình 2 theo đúng quy định của pháp luật”. Tuy nhiên, ông Đinh La Thăng đã làm trái yêu cầu của Thủ tướng và quy định của pháp luật trong việc lựa chọn nhà thầu. Cụ thể, ngày 18/06/2010, ông Thăng ký nghị quyết đồng ý chủ trương giao PVC thực hiện gói thầu EPC dự án NMNĐ Thái Bình 2, mặc dù chưa có đánh giá về năng lực, kinh nghiệm của PVC, chưa làm các thủ tục liên quan đến việc lựa chọn nhà thầu.
Sau khi Dự án NMNĐ Thái Bình 2 được phê duyệt, Hợp đồng EPC của dự án dự kiến được ký và thực hiện vào tháng 02/2011. Tuy nhiên, cuối tháng 10/2010, PVN có chủ trương nghiên cứu chuyển đổi công nghệ lò hơn nên hợp đồng EPC phải lùi lại đến tháng 06/2011 mới dự kiến ký kết.
Do mất cân đối tài chính, PVC muốn ký hợp đồng EPC để có nguồn tiền sử dụng, vì vậy vào tháng 02/2011 Trịnh Xuân Thanh và Vũ Đức Thuận chỉ đạo cho ông Nguyễn Duyên Hải, Phó Tổng giám đốc PVC gửi báo cáo về phương án và kế hoạch triển khai hợp đồng EPC cho ông Đinh La Thăng. Được sự đồng ý của ông Thăng, ngày 28/02/2011, ông Vũ Huy Quang TGĐ PVPower và Vũ Đức Thuận, TGĐ PVC đã ký hợp đồng EPC số 33.
Vì vậy, ông Đinh La Thăng với vị trí chủ tịch HĐTV của PVN đã chỉ đạo PVPower ký hợp đồng EPC số 33 với PVC nêu trên là trái với điều 41, nghị định 85/2009/NĐ-CP ngày 15/10/2009 của Chính phủ hướng dẫn thi hành luật Đấu thầu và lựa chọn nhà thầu xây dựng theo luật Xây dựng. Bên cạnh đó, hợp đồng có nhiều nội dung không có thật. Hợp đồng này được lập và ký mà chưa được HĐTV của chủ đầu tư phê duyệt.
Sau đó, ông Thăng chỉ đạo cấp dưới tại PVN và Ban quản lý dự án căn cứ hợp đồng này cấp tạm ứng cho PVC trái quy định pháp luật. Cụ thể, đến ngày 11/10/2011, PVC mới chính thức là Nhà thầu có tư cách pháp lý để thực hiện Hợp đồng tổng thầu EPC Dự án NMNĐ Thái Bình 2. Tuy nhiên, từ ngày 28/04 – 12/07/2011, PVN đã làm thủ tục chi tạm ứng cho PVC số tiền 6,6 triệu USD và hơn 1.312 tỷ đồng. Ông Trịnh Xuân Thanh và đồng phạm tại PVC đã sử dụng hơn 1.115 tỷ đồng tạm ứng sai mục đích, gây thiệt hại cho Nhà nước hơn 119 tỷ đồng.
Hành vi của bị can Đinh La Thăng phạm vào tội "Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng". Quá trình điều tra, ông Đinh La Thăng cũng thừa nhận sai phạm trong việc chỉ đạo thực hiện Dự án NMNĐ Thái Bình 2 với tư cách là người đứng đầu.