Trong văn bản gửi Văn phòng Chính phủ, Bộ Tài chính cho biết số tiền nợ thuế của Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình là 941,7 tỷ đồng (tính đến tháng 11/2023).
Trong đó, có tiền thuê đất hơn 475 tỷ đồng; thuế thu nhập doanh nghiệp hơn 7,2 tỷ đồng; tiền phạt vi phạm hành chính là 974 triệu đồng; tiền chậm nộp 458,2 tỷ đồng.
Theo cơ quan này, hiện Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình đang bị Cục Thuế Hà Nội cưỡng chế nợ thuế bằng việc trích tiền từ tài khoản và ngừng sử dụng hóa đơn từ năm 2023.
Về ý kiến đề xuất khoanh nợ và không tính tiền chậm nộp của Bộ Văn hoá, Thể thao và Du lịch cho Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình, Bộ Tài chính cho rằng khu liên hợp không thuộc trường hợp được khoanh tiền thuế nợ và không tính tiền chậm nộp theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Chính vì vậy, không có căn cứ để thực hiện khoanh nợ, không tính tiền chậm nộp đối với các khoản tiền thuế, tiền thuê đất tiền chậm nộp của còn nợ của khu liên hợp theo kiến nghị của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch.
Trước đó vào tháng 6/2021, Thanh tra Chính phủ cũng đã có kết luận về việc chấp hành các quy định của pháp luật về công tác quản lý, sử dụng đất đai, tài sản công tại Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình trong giai đoạn 2009 - 2018, trong đó có sai phạm cho thuê đất sai quy định gây thất thu ngân sách, hàng ngàn mét vuông đất tại Khu liên hợp thể thao quốc gia. Đơn vị này cho nhiều doanh nghiệp thuê đất trong thời gian dài khi chưa được phép.
Từ năm 2021, sau kết luận của Thanh tra Chính phủ, cơ quan này đã đề xuất chuyển sang vụ việc sang Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an và Viện Kiểm sát nhân dân tối cao thụ lý, làm rõ trách nhiệm cá nhân người đứng đầu Khu liên hợp vì để xảy ra vi phạm.
Từ năm 2019 cho đến nay, nhiều lần Cục Thuế Hà Nội phát đi thông báo truy nợ thuế của Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình.
Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ tháng 6/2021, "Sai phạm của Khu liên hợp thể thao quốc gia là trong việc tự ý cho thuê đất; cho thuê đất nhưng tiền lại để ngoài sổ sách trong thời gian từ năm 2009 đến năm 2018, dẫn đến thất thoát số tiền lên đến 777 tỷ đồng".
Từ năm 2021 đến nay, Cục Thuế Hà Nội đã ra quyết định thi hành cưỡng chế hóa đơn đối với Khu liên hợp thể thao quốc gia Mỹ Đình có số nợ thuế gần 849 tỷ đồng, đa số là số tiền nợ tiền thuê đất tiền phạt chậm nộp.
Quyết định của Cục thuế Hà Nội yêu cầu Khu Liên hợp thể thao Mỹ Đình phải nghiêm chỉnh thực hiện. Quyết định cưỡng chế hóa đơn có hiệu lực thi hành trong thời hạn 1 năm, kể từ ngày 20/6/2022 đến hết ngày 19/6/2023, đây là lần thứ 3 Khu liên hợp này bị áp dụng các biện pháp cao nhất về xử lý nợ thuế của cơ quan thuế địa phương.
Việc cưỡng chế hóa đơn thuế gây lo ngại cho hoạt động của Khu liên hợp cũng như Sân vận động Quốc gia Mỹ Đình.