Theo Phó Thủ tướng, công tác xây dựng thể chế, ban hành văn bản của ngành Tài chính vẫn còn chậm, có văn bản không rõ ràng, gây khó khăn cho doanh nghiệp. Ngành cũng chưa kịp thời trình Thủ tướng, Chính phủ bãi bỏ hoặc trình cấp có thẩm quyền xem xét sửa đổi bổ sung các văn bản đang có vướng mắc.
Phó Thủ tướng đã dẫn ra vấn đề khống chế lãi vay đối với các doanh nghiệp liên kết quy định tại Nghị định số 20 như là một ví dụ.
"Thủ tướng 3 lần đều nhắc đến chuyện này rồi", Phó Thủ tướng cho biết. Ông cũng thông tin rằng Bộ Tài chính đã có văn bản gửi lên và Văn phòng Chính phủ sắp tới sẽ cho ý kiến thẩm định thêm về nội dung khống chế lãi vay.
"Nếu chờ sửa đổi bổ sung theo Luật quản lý thuế thì chậm, nên chăng vướng đâu gỡ đó", Phó Thủ tướng nói và nhấn mạnh các doanh nghiệp "kêu" rất nhiều.
Kể từ khi được ban hành vào đầu năm 2017, Nghị định 20 về quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có giao dịch liên kết, vốn có nhiều quy định về thuế ảnh hưởng nhiều nhất đến doanh nghiệp, đã gây ra nhiều vướng mắc trong việc triển khai kinh doanh.
Cụ thể, khoản 3, điều 8 quy định: "Tổng chi phí lãi vay phát sinh trong kỳ của người nộp thuế được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp không vượt quá 20% của Tổng lợi nhuận thuần từ hoạt động kinh doanh cộng với chi phí lãi vay, chi phí khấu hao trong kỳ của người nộp thuế" - tức 20% EBITDA. Khi đó, phần chi phí lãi vay vượt quá 20% sẽ bị coi là chi phí không hợp lý và bị tính thuế.
Rất nhiều trường hợp đặc thù được các doanh nghiệp đưa ra nhưng phía cơ quan thuế cũng chưa đưa ra được câu trả lời cụ thể ngoài việc áp dụng đúng như nội dung của thông tư.
Ban đầu, quy định được đưa ra với mục tiêu hạn chế việc chuyển thu nhập của các Doanh nghiệp có FDI tại Việt Nam đến một doanh nghiệp khác (trong cùng Tập đoàn đa quốc gia) tại vùng lãnh thổ/quốc gia có thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp thấp hơn so với Việt Nam để tối đa hóa lợi nhuận và tối thiểu hóa nghĩa vụ thuế phải nộp tại Việt Nam.
Tuy nhiên, các chuyên gia lại chỉ ra thực tế ngược lại: Đối tượng bị ảnh hưởng nặng nền nhất theo quy định này là các doanh nghiệp Việt Nam, đặc biệt là các doanh nghiệp đang đầu tư vào những ngành trọng điểm cần số vốn rất lớn.
Bên cạnh đó, trong nền kinh tế hiện nay thì việc hình thành mô hình các Công ty holding (hay còn gọi là Công ty quản lý vốn) trong Mô hình Kinh tế tập đoàn là xu thế tất yếu trong kinh doanh để hỗ trợ về vốn cho các Công ty thành viên khi mới thành lập và chưa thể tiếp cận được nguồn vốn vay.
Quy định khống chế lãi tiền vay được trừ thu nhập chịu thuế tại Nghị định này còn phát sinh việc đánh thuế trùng đối với cùng một giao dịch kinh doanh – lãi tiền vay (bên cho vay phải nộp thuế Thu nhập doanh nghiệp – TNDN – đối với thu nhập từ lãi tiền vay, bên đi vay phải nộp thuế TNDN đối với phần chi phí tiền vay vượt mức khống chế).
Một trong những bất cập nhất của việc khống chế trần lãi vay là tác động lên hoạt động đi vay và cho vay lại giữa công ty mẹ và các công ty thành viên - vốn rất phổ biến trong các tập đoàn, tổng công ty nhà nước cũng như tư nhân.