Theo UBND tỉnh Kiên Giang, sau khi quyết định 2982/QĐ-UBND được phê duyệt thì trong quá trình quản lý xây dựng theo quyết định này gặp nhiều vấn đề bất hợp lý cần phải điều chỉnh như: Tim đường trong đồ án bị lệch so với tim đường thực tế, quy hoạch khu sân bay cũ và quảng trường trung tâm, một số đường nội bộ và khu chức năng chưa thích hợp.
Vì thế, theo quyết định 1789, bản đồ quy hoạch có cập nhật thêm hệ thống kênh rạch, cập nhật 2 dự án lớn ở khu sân bay cũ là quảng trường và tượng đài Bác Hồ. Khu hành chính được quy hoạch phía bắc của đường CMT8 còn khu hành chính trước đây được quy hoạch ở phía bắc sân bay cũ giờ thành khu đất ở. Ngoài ra, khu UBND huyện hiện tại sẽ thành khu thương mại với chiều cao tối đa lên đến 29 tầng.
Bên cạnh đó, theo quy hoạch mới, thị trấn Dương Đông sẽ có thêm 1 con đường ven biển phía Tây, 1 con đường ven biển phía Nam... Ngoài ra, đề án lần này cũng cập nhật lại các công trình giáo dục ở thị trấn Dương Đông.
Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý về chủ trương cho phép tỉnh Kiên Giang tổ chức triển khai lập Quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội đảo Phú Quốc và lập mới Quy hoạch chung xây dựng đảo Phú Quốc theo định hướng phát triển thành đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt.
Về việc lựa chọn và chỉ định thuê tư vấn nước ngoài lập quy hoạch: Đồng ý về nguyên tắc, UBND Kiên Giang thực hiện thủ tục lựa chọn và chỉ định thuê tư vấn nước ngoài theo quy định tại Luật Đấu thầu và Nghị định số 30/2015/NĐ-CP của Chính phủ; Chủ tịch UBND Kiên Giang chịu trách nhiệm cá nhân trước Thủ tướng Chính phủ.
Nguồn kinh phí thực hiện: Tỉnh Kiên Giang sử dụng nguồn ngân sách địa phương và các nguồn kinh phí huy động hợp pháp khác.
Theo Quyết định số 868/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ ngày 17/6/2015 phê duyệt điều chỉnh cục bộ quy hoạch chung xây dựng đảo Phú Quốc đến năm 2030, quy mô sử dụng đất đai toàn đảo đến năm 2030 được điều chỉnh theo hướng đất du lịch khoảng 4.003 ha; đất khu phức hợp du lịch, dịch vụ dân cư khoảng 3.325 ha; đất lâm nghiệp khoảng 37.430 ha (trong đó, đất rừng phòng hộ khoảng 6.666 ha); đất nông nghiệp khoảng 3.953 ha (trong đó, đất sản xuất nông nghiệp khoảng 2.719 ha, đất ở nông thôn làng nghề khoảng 1.234 ha).
Khu đô thị Dương Đông được phát triển theo hướng là trung tâm của thành phố du lịch đảo Phú Quốc, có hệ thống quảng trường và cụm tượng đài Bác Hồ tại khu vực sân bay cũ. Cảng tổng hợp được xây dựng tại vịnh Đất Đỏ, trong đó có chức năng hậu cần dịch vụ dầu khí, kho ngoại quan xăng dầu và hàng hóa khác. Cảng Dương Đông được xây dựng thành cảng hành khách quốc tế Phú Quốc. Vị trí khu du lịch, dịch vụ và vui chơi giải trí tổng hợp có casino sẽ điều chỉnh, chuyển từ khu đất bãi Đá Chồng, xã Bãi Thơm sang khu du lịch sinh thái Bãi Dài, xã Gành Dầu.
Đồ án đồng thời bổ sung quy hoạch tuyến cáp treo từ thị trấn An Thới ra đảo Hòn Thơm, xã Hòn Thơm; bổ sung khu đất có chức năng dịch vụ du lịch giải trí phức tạp và sân golf quy mô diện tích 2.090 ha tại khu vực Đồng Cây Sao và Bắc sông Cửu Cạn, xã Cửa Cạn, huyện Phú Quốc trên cơ sở chuyển đổi chức năng 1.718 ha diện tích đất nông nghiệp và 372 ha đất rừng phòng hộ; bổ sung khu đất có chức năng du lịch nghỉ dưỡng, giải trí thể thao quy mô 142 ha tại phía Bắc rạch Vũng Bầu trên cơ sở chuyển đổi chức năng 142 ha từ đất nông nghiệp; điều chỉnh chức năng sân golf, quy mô 102 ha tại khu đất du lịch sinh thái Cửa Cạn thành đất du lịch sinh thái…