Cục Quản lý Môi trường Y tế (Bộ Y tế) cho biết, thủy ngân là kim loại lỏng khó phân hủy trong môi trường và tích lũy sinh học trong chuỗi thức ăn. Thủy ngân ít độc, nhưng hơi, các hợp chất và muối của nó rất độc, có thể gây tổn thương hệ thần kinh, tiêu hóa, hô hấp, hệ thống miễn dịch và thận. Cho dù ít độc hơn so với các hợp chất của nó nhưng thủy ngân vẫn tạo ra sự ô nhiễm đáng kể đối với môi trường vì nó tạo ra các hợp chất hữu cơ trong cơ thể sinh vật.
Thủy ngân giải phóng từ chất thải tồn tại trong môi trường (đất, nước, không khí, trầm tích, thực vật..) hoặc tích tụ trong chuỗi thức ăn và vào cơ thể con người thông qua tiêu thụ cá và hải sản, hoặc hơi thủy ngân trực tiếp hoặc được hấp thụ trên tóc của con người. Để giám sát mức độ thủy ngân trong môi trường do chất thải thủy ngân cần phân tích các mẫu khác nhau, như các mẫu sinh học (cá và tôm, cua, sò, hến), mẫu môi trường (nước, trầm tích, đất và không khí), mẫu thực vật và con người (tóc, máu và nước tiểu).
Theo Cục Quản lý Môi trường Y tế các ảnh hưởng độc hại của thủy ngân đã được biết khá rõ. Cụ thể, hơi thủy ngân ảnh hưởng đến hệ thống thần kinh trung ương và ngoại biên, phổi, thận, da, và mắt. Nó cũng ảnh hưởng đến hệ thống miễn dịch và gây đột biến.
Trong đó, nhiễm độc thủy ngân cấp tính thường do tai nạn như vỡ bình chứa, hỏa hoạn, hơi thủy ngân bốc lên với nồng độ cao ảnh hưởng nghiêm trọng đến hô hấp, gây viêm phế quản, viêm phổi kẽ lan tỏa. Người bị nhiễm độc thủy ngân cấp tính có thể gây viêm thận, đạm huyết tăng nhanh ( 4-5g urê/l), giảm clo huyết, nhiễm a xit. Gây viêm loét miệng, bỏng đường tiêu hóa, nôn ra máu, toàn thân suy sụp. Nạn nhân khó thở, chuột rút, giật cơ, mê sảng, bệnh nhân thường tử vong trong vòng 24 đến 36 giờ.
Đối với nhiễm độc thủy ngân nghề nghiệp, người tiếp xúc với nồng độ thấp, nhưng trong thời gian dài, các triệu chứng xuất hiện chủ yếu trên hệ tiêu hóa và hệ thống thần kinh. Ngoài ra còn có ảnh hưởng đến hệ hô hấp, tiết niệu…
Các triệu chứng về tiêu hóa như viêm ruột, xuất huyết đường tiêu hóa, viêm lợi, kèm vị đắng khó chịu, viêm miệng, loét niêm mạc, có thể thấy đường viền thủy ngân màu xanh ở bờ răng lợi. Các triệu chứng về thần kinh như run cố ý; bệnh Parkinson với biểu hiện run khi nghỉ và giảm chức năng vận động.
Tiếp xúc mãn tính với thủy ngân có thể gây ra run mí mắt và rối loạn thị giác, viêm màng tiếp hợp, thu hẹp thị trường. Thủy ngân có thể gây ung thư, biến đổi gen và gây quái thai.