Về tính pháp lý, Uỷ ban quản lý vốn Nhà nước là cơ quan chuyên trách thuộc Chính phủ, được làm việc theo chế độ thủ trưởng có 1 Chủ tịch và không quá 4 Phó Chủ tịch do Thủ tướng bổ nhiệm, miễn nhiệm.
Bộ máy giúp việc có các ban, bao gồm:
Các ban quản lý vốn nhà nước tại doanh nghiệp có nhiệm vụ giúp Lãnh đạo Uỷ ban thực hiện quyền đại diện chủ sở hữu vốn nhà nước tại doanh nghiệp. Các ban được thành lập dựa theo ngành kinh doanh chính của doanh nghiệp và tỷ lệ sở hữu nhà nước trong doanh nghiệp. Cụ thể: Ban xây dựng và hạ tầng; Ban công nghiệp chế tạo; Ban năng lượng; Ban công nghệ, viễn thông, truyền thông.
Các ban tham mưu tổng hợp có nhiệm vụ giúp lãnh đạo thực hiện chứ năng, nhiệm vụ được giao theo nội dung chuyên môn gồm: Ban chiến lược và phát triển; Ban Quản trị tài chính và rủi ro; Ban Pháp chế và kiểm soát nội bộ; Ban Tổ chức nhân sự và đào tạo.
Văn phòng gồm các bộ phận: Phòng Hành chính, Phòng Tài chính kế toán, Trung tâm thông tin quản lý.
Nguồn chi cho cơ quan chuyên trách được cân đối trong khoản thu ngân sách từ cổ phần hoá, sắp xếp, thoái vốn nhà nước, cổ tức, lợi nhuận sau thuế của các doanh nghiệp do cơ quan chuyên trách làm đại diện chủ sở hữu.
Bên cạnh chế độ tiền lương quy định, cơ quan này có phần thu nhập bổ sung gắn với hiệu quả quản lý vốn nhà nước và năng suất lao động của các doanh nghiệp do cơ quan làm đại diện chủ sở hữu.
Về việc giám sát cơ quan chuyên trách, Đề án kiến nghị Chính phủ thống nhất tổ chức thực hiện giám sát cơ quan chuyên trách. Bộ, cơ quan ngang bộ thực hiện giám sát, thanh tra, kiểm ra đánh giá cơ quan chuyên trách trong việc thực hiện quyền và trách nhiệm đại diện chủ sở hữu nhà nước theo phân công và yêu cầu của Chính phủ, Thủ tướng.
Chuyên gia Phạm Chi Lan khi bình luận về Uỷ ban quản lý vốn Nhà nước cho rằng thành công và hiệu quả của đơn vị này nằm ở yếu tố con người mà hơn hết trong tay người quản lý. Theo đó, người lãnh đạo phải là người có "kỹ trị" thay vì "chính trị". Chỉ vì các nhìn nhận đảo lộn hai nhiệm vụ này khiến cho dư luận cảm thấy không an tâm.
Bà Lan cũng cho biết trong bối cảnh hiện nay, việc thành lập uỷ ban này là điều cần thiết vì Việt Nam không có sự lựa chọn.
TS. Võ Trí Thành, nguyên Phó Viện trưởng CIEM thì đề cao chức năng giám sát, cân đo năng lực của người thực hiện, bởi việc sở hữu một khối tài sản lớn của đất nước khiến nảy sinh vấn đề về xung đột lợi ích và rủi ro đạo đức.