Cuối năm 2008, Dự án tổ hợp Lọc hoá dầu Nam Vân Phong do Tổng công ty Xăng dầu Việt Nam (Petrolimex) làm chủ đầu tư đã được Chính phủ chấp thuận.
Dự án đặt tại xã Ninh Phước, huyện Ninh Hoà, tỉnh Khánh Hoà trên diện tích 300 ha mặt đất và 300 ha mặt biển.
Dự án có tổng vốn đầu tư khoảng 4,4 – 4,8 tỷ USD, công suất thiết kế 200.000 thùng/ngày, tương đương 10 triệu tấn/năm.
Tại thời điểm chấp thuận dự án, cả nước đã có tổng cộng 7 dự án, nhà máy lọc hoá dầu với tổng công suất 60 – 70 triệu tấn/năm nhưng chỉ có dự án Lọc dầu Dung Quất sắp đi vào sản xuất. Lượng nhiên liệu tiêu thụ tính trên đầu người của Việt Nam còn thấp và nguồn cung các sản phẩm hoá dầu chưa đủ để đáp ứng nhu cầu.
Dù vậy, Dự án Nam Vân Phong không nằm trong dự án quan trọng quốc gia và vốn Nhà nước cho dự án sẽ dưới 30%. Đặc biệt, ngân sách Nhà nước không hỗ trợ, không ưu đãi trong việc xây dựng cơ sở hạ tầng phục vụ trực tiếp cho nhà máy.
Đến khoảng cuối năm 2011, theo nhiều thông tin, Tập đoàn Daelim Industrial (Hàn Quốc) đã đàm phán với Petrolimex để đầu tư vào dự án này. Hai bên cũng đã ký biên bản ghi nhớ về việc đầu tư dự án. Tuy nhiên, đến năm 2014, những thông tin liên quan đến sự hợp tác với Hàn Quốc không được cập nhật.
Cũng trong năm này, Dự án Lọc hoá dầu Nam Vân Phong bắt đầu kêu gọi đầu tư với quy mô vốn đầu tư dự kiến tăng gần gấp đôi so với thời điểm năm 2008, đạt 8 tỷ USD.
Và đến cuối năm 2014, Petrolimex đã ký thoả thuận chiến lược với Nippon Oil & Energy, mở đường cho đối tác Nhật tham gia dự án Lọc hoá dầu Nam Vân Phong cũng như thị trường xăng dầu trong nước.
Thời điểm này Petrolimex và Nippon Oil & Energy dự kiến hoàn tất việc phát hành tăng vốn, thành lập công ty liên doanh đầu tư dự án Tổ hợp hoá lọc dầu Nam Vân Phong để xúc tiến các thủ tục đầu tư giữa năm 2015.
Năm 2016, nhà đầu tư Nhật Bản này đã đồng ý mua 8% cổ phần của Petrolimex, trị giá thương vụ ước tính khoảng 20 tỷ yên.
Tuy nhiên, ngay cả khi phía nhà đầu tư Nhật Bản mua được cổ phần của Petrolimex, dự án Lọc hoá dầu Nam Vân Phong vẫn chưa dễ đẩy nhanh nhờ bán cổ phần.
Tính đến giữa năm 2016, dự án vẫn chưa xác định được thời điểm triển khai. Trả lời báo chí thời điểm này về tính khả thi của dự án, ông Bùi Ngọc Bảo khi đó là Chủ tịch HĐQT Petrolimex cho biết tập đoàn đang rà soát và đánh giá kỹ lưỡng thị trường, khoản đầu tư bởi dự án có hiệu quả mới đầu tư. Phía Nippon Oil & Energy cũng được Petrolimex cho biết là rất mong muốn và cam kết tham gia đầu tư Lọc hoá dầu Nam Vân Phong với tư cách là cổ đông chính của dự án.
Theo đó, điểm khiến dự án chưa đẩy nhanh được tiến độ chính là việc thảo luận các ưu đãi cho dự án cũng như nhà đầu tư.
Tại cuộc gặp gỡ các nhà đầu tư trước thềm IPO vào tháng 3/2017, nguyên Chủ tịch Bùi Ngọc Bảo có đề cập đến việc liên tục lùi thực hiện dự án này. Theo ông, thời gian quyết định đầu tư tuỳ thuộc vào cơ chế chính sách của Chính phủ.
Lúc đó, ông khẳng định, tập đoàn không cần ưu đãi đặc thù, mà chỉ cần sự bình đẳng với các dự án lọc dầu tương tự đầu tư trên lãnh thổ Việt Nam. Như vậy, nếu chính sách bình đẳng, Petrolimex sẽ khẩn trương đầu tư vào dự án.
Đến ngày 25/9 vừa qua trong buổi làm việc với Tổ công tác của Thủ tướng, Petrolimex bất ngờ đề xuất Chính phủ được dừng thực hiện dự án này. Nguyên nhân chính được tập đoàn đưa ra là muốn tập trung vốn đầu tư cho các dự án quan trọng khác.
Thông tin này được phía Vụ Công nghiệp thuộc Văn phòng Chính phủ nhận xét là đột ngột vì tháng 1/2018, Thủ tướng đã giao Bộ Công thương xem xét các đề xuất về chính sách ưu đãi mà nhà đầu tư mong muốn khi thực hiện dự án. Dù vậy, đến nay, Bộ Công thương chưa hoàn thành báo cáo nhưng doanh nghiệp đã xin rút lui.
Nhưng về phía Bộ Tài chính, đại diện Bộ cho biết đồng tình với đề xuất của Petrolimex. Trước đây khi tham gia góp ý về dự án, Bộ Tài chính cũng có 2 văn bản cho biết nên dừng.
Hiện, Tổ phó Tổ công tác Thủ tướng đã yêu cầu Bộ Công thương sớm báo cáo về dự án Lọc hoá dầu Nam Vân Phong để thủ tướng Chính phủ xem xét, có ý kiến chỉ đạo.