Theo BQL dự án 2, tuyến cao tốc TP.HCM-Mộc Bài có điểm đầu dự kiến từ đường Vành đai 3 (Hoóc Môn, TP.HCM), song song với tuyến đường sắt Tân Chánh Hiệp-Trảng Bàng. Sau đó cắt ngang đường Vành đai 4, đường Hồ Chí Minh, ĐT782, ĐT787, đến khu vực đường sắt Gò Dầu (Tây Ninh), cắt qua quốc lộ (QL) 22B, đến gần Km 4+00, tiếp tục rẽ phải, vượt sông Vàm Cỏ về phía QL22, giao với QL22 tại Km 52+850, kết nối với điểm cuối là cửa khẩu Mộc Bài hoặc chốt Cây Me. Chiều dài dự kiến là 53,5-64,2 km.
Theo đề xuất, cao tốc TP.HCM-Mộc Bài được đầu tư hai giai đoạn (giai đoạn 1 xây dựng bốn làn xe, giai đoạn 2 là 6-8 làn xe). Trong đó, giai đoạn 1 được chia ra thành hai phân đoạn: TP.HCM-Trảng Bàng (dài 33 km) và Trảng Bàng-Mộc Bài (dài 20,5 km).
Đoạn TP.HCM-Trảng Bàng có lưu lượng giao thông lớn hơn được đầu tư xây dựng với quy mô bốn làn xe hoàn chỉnh, tốc độ thiết kế 120 km/giờ. Còn lại, đoạn Trảng Bàng-Mộc Bài được đề xuất đầu tư với mô hình đường cao tốc hạn chế bốn làn xe, tốc độ thiết kế 80-100 km/giờ.
Trước đó, Thủ tướng đã đồng ý với kiến nghị của tỉnh Tây Ninh về việc cần sớm triển khai tuyến đường cao tốc TP.HCM - Mộc Bài tại buổi làm việc với lãnh đạo tỉnh này. Theo đó, Thủ tướng kết luận, trong tháng 9/2018, Bộ Giao thông vận tải phải trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tiền khả thi tuyến đường này, để từ đó Thủ tướng có chủ trương cụ thể về giải phóng mặt bằng của tuyến đường, tiếp tục triển khai sớm tuyến cao tốc TP.HCM - Mộc Bài từ những nguồn lực khác nhau để tiến hành khởi công sớm nhất.
Khi hoàn thành, đường cao tốc TP.HCM - Mộc Bài sẽ kết nối từ Khu đô thị Mộc Bài với các đường vành đai 4, vành đai 3 của TP.HCM để tạo thành một mạng lưới liên hoàn giữa các tuyến giao thông đối ngoại và trở thành cửa ngõ ra vào TP.HCM.
Đồng thời, kết nối các trung tâm kinh tế, khu kinh tế cửa khẩu và các đô thị của vùng kinh tế trọng điểm phía Nam với các đầu mối cảng biển, cảng hàng không quốc tế của vùng và khu vực ASEAN (Bangkok - Phnom Penh - TP.HCM).
Về phương thức đầu tư, nếu sử dụng nguồn vốn ODA hoặc ngân sách Trung ương sẽ khó khăn và kéo dài thời gian. Vì vậy, 2 địa phương thống nhất kiến nghị Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ giao TPHCM phối hợp với tỉnh Tây Ninh là cơ quan nhà nước có thẩm quyền để đầu tư dự án.
2 địa phương cũng đề xuất mỗi tỉnh thành tự lo kinh phí bồi thường (phía TPHCM khoảng 2.000 tỷ đồng, Tây Ninh khoảng 1.000 tỷ đồng), phần kinh phí xây lắp, đầu tư con lại kiến nghị Chính phủ cho đấu thầu hoặc chỉ định thầu theo quy định của pháp luật.