Trong đợt lấy ý kiến gần đây, Bộ Tài chính đã nêu đề xuất bổ sung quy định: Trường hợp thanh tra doanh nghiệp có giao dịch liên kết xuyên biên giới thời hạn thanh tra không quá 360 ngày làm việc tại trụ sở người nộp thuế. Ngoài ra, thời gian thanh tra không bao gồm thời gian cung cấp tài liệu, trao đổi thông tin và thời gian tạm dừng, hoãn.
Lý do được nêu lên là quy định thời gian thanh tra như luật hiện hành theo đại diện Bộ Tài chính chỉ phù hợp với các cuộc thanh tra thông thường. Cụ thể, quy định hiện tại nêu rõ: Thời hạn thanh tra thuế do Tổng cục Thuế tiến hành không quá 45 ngày làm việc, trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn, nhưng không quá 70 ngày làm việc.
Trong khi ấy, đối với các cuộc thanh tra chuyên đề, thanh tra các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, doanh nghiệp đa quốc gia, việc thu thập thông tin về công ty mẹ, công ty liên kết ở nước ngoài, thông tin về các giao dịch diễn ra ở bên ngoài Việt Nam mất rất nhiều thời gian.
Góp ý cho đề xuất trên, đai diện Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI), Thanh tra Chính phủ cho rằng, thời hạn thực hiện thanh tra đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết xuyên biên giới, dự thảo quy định 360 ngày là quá dài. Điều này làm ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.
Đại diện Viện Hàn lâm khoa học xã hội thì đề nghị thời hạn thanh tra sẽ được tính từ ngày công bố quyết định thanh tra đến ngày ra quyết định kết luận về việc thanh tra để xác định chính xác thời hạn thanh tra. Đề nghị này để tránh tình trạng cơ quan quản lý thuế lạm dụng điều khoản này để kéo dài “vô thời hạn” thời gian thanh tra thuế đối với doanh nghiệp.
Tiếp thu các ý kiến góp ý, lãnh đạo Bộ Tài chính đề xuất bổ sung thêm phương án: Thời hạn của cuộc thanh tra được tính từ ngày công bố quyết định thanh tra đến ngày kết thúc việc thanh tra tại trụ sở người nộp thuế. Thời gian thanh tra không bao gồm thời gian cung cấp tài liệu, trao đổi thông tin và thời gian tạm dừng, tạm hoãn.
Ngoài ra, trường hợp cần thiết, người ra quyết định thanh tra thuế gia hạn thời hạn thanh tra thuế theo quy định Luật thanh tra và các văn bản hướng dẫn thi hành hiện hành./.