Theo đó, liên quan đến Dự án xe buýt nhanh BRT Hà Nội, kết luận thanh tra đã chỉ ra những sai phạm như sau:
Liên quan đến việc lập, thẩm định, phê duyệt bản vẽ thi công - dự toán công trình:
Hợp phần I - Xe buýt nhanh BRT thuộc Dự án phát triển giao thông đô thị Hà Nội, Gói thầu BRT CP04a: Xây dựng trạm xe buýt từ Bộ Y tế - đường Khuất Duy Tiến; Gói thầu BRT CP4b: Xây dựng đường trạm xe buýt từ Khuất Duy Tiến - Bến xe Yên Nghĩa, Chủ đầu tư, đơn vị tư vấn khi lập bước thiết kế đường đã thay thế mặt đường bê tông nhựa bằng mặt đường bê tông xi măng. Trong khi đó, hồ sơ báo cáo khảo sát nền mặt đường dự án phát triển giao thông đô thị Hà Nội, Hợp phần xe buýt nhanh BRT1 ngày 25/02/2009 do Công ty cổ phần tư vấn Việt Delta lập, kết quả đo mặt đường tại các tuyến đường này đều có "cường độ mặt đường tốt". Việc này đã gây lãng phí ngân sách nhà nước trên 15,004 tỷ đồng.
Liên quan đến công tác đấu thầu
Hợp phần I- Xe buýt nhanh BRT thuộc Dự án phát triển giao thông đô thị Hà Nội, Gói thầu 04/BRT-TB (BRT CP08) - Đoàn xe BRT; Chủ đầu tư thực hiện một số thủ tục chưa tuân thủ theo mẫu hồ sơ mời thầu và hướng dẫn của Ngân hàng Thế giới như không lập dự toán Nhóm A và B theo nhóm xe sản xuất, lắp ráp trong nước; lấy báo giá xe nhập khẩu nguyên chiếc để làm căn cứ mời thầu cho cả 3 nhóm A, B và C (nhóm xe nhập khẩu). Vì vậy, không có căn cứ để so sánh các nhóm với nhau trong việc lựa chọn nhà thầu.
Tuy nhiên, tại Thư không phản đối của Ngân hàng Thế giới chỉ cảnh báo về việc kiểm tra xe và bảo hành. Phần bổ sung các thiết bị vào gói thầu CP08 có tổng giá trị 17,687 tỷ đồng nhưng Chủ đầu tư không tổ chức đấu thầu mà ký hợp đồng bổ sung với nhà thầu. Việc này vi phạm Điều 22 Luật Đấu thầu và Điều 101 Luật Xây dựng về điều kiện được chỉ định thầu.
Liên quan đến hiệu quả đầu tư
Việc đầu tư chưa đồng bộ, chưa tạo ra các lợi ích nhằm khuyến khích người dân chuyển từ phương tiện cá nhân sang sử dụng phương tiện vận tải công cộng, như các nhà chờ, cầu vượt cho người đi bộ chưa thuận tiện cho người sử dụng, một số nhà chờ chưa có cầu vượt đi bộ để tiếp cận, cầu vượt đi bộ chưa hỗ trợ người khuyết tật; xe buýt BRT được bố trí làn đường riêng chiếm 1/3 mặt cắt ngang của các trục đường hiện có nhưng tốc độ chưa đạt yêu cầu, trong khi hiện trạng lưu lượng phương tiện giao thông trên tuyến rất lớn, nên thường xuyên xảy ra ùn tắc trong giờ cao điểm.
Theo báo cáo của Sở GTVT về kết quả vận tải về kết quả vận tải hành khách đối với tuyến xe buýt nhanh BRT 6 tháng đầu năm 2017, lượng khách bình quân đạt 39,9 người/lượt, mới chỉ đạt 44,3% so với công suất thiết kế là 90 người/lượt. Lượng khách bình quân giờ cao điểm cũng chỉ đạt 69,7/90 người/lượt, đạt 75,4% công suất.
Như vậy, mặc dù được đầu tư với số tiền rất lớn nhưng dự án chưa đạt được hiệu quả như mong đợi, chưa đạt mục tiêu đề ra để hạn chế phương tiện cá nhân, giảm ùn tắc giao thông và từng bước nâng cao chất lượng môi trường của Thành phố.
Sai phạm tài chính ở các gói thầu kiểm tra
Hợp phần I - Xe buýt nhanh BRT thuộc Dự án phát triển giao thông đô thị Hà Nội: Tổng số tiền sai phạm 43,57 tỷ đồng, trong đó:
Số tiền 42,4 tỷ đồng do Công ty cổ phần Thiên Thành An xuất bán cho chủ đầu tư đối với 35 xe buýt BRT, giá trị chênh lệch tăng nhưng không chứng minh được khối lượng công việc thực hiện.
Số tiền 206,83 triệu đồng đối với đơn giá dịch vụ kiểm tra xe (mục chi phí tiền ăn, thuê xe...) do Chủ đầu tư thanh toán cho Nhà thầu vượt so với hợp đồng đã ký, không đúng quy định.
Gói thầu 01d/BRT-XL (BRT CP4d), số tiền 625,91 triệu đồng, bao gồm: Dự toán được duyệt tại quyết định số 2224/QĐ-SGTVT ngày 29/10/2015 áp đơn giá vật liệu sai thời điểm, làm tăng giá trị là 79,6 triệu đồng; thiếu sót trong công tác thiết lập, thẩm tra, phê duyệt dự toán điều chỉnh trạm biến áp phê duyệt tại Quyết định số 1368/QĐ-SGTVT này 20/10/2014 làm tăng chi phí phần vỏ máy và vận chuyển máy phát điện không đúng 26,48 triệu đồng; 102,59 triệu đồng tiền đắp cát K95; 417,24 triệu đồng tiền không thực hiện bu lông, kích dầu…
Số tiền 332,38 triệu đồng đối với khoản mục chi phí huy động, giải thể công trường trong dự toán 07 gói thầu xây lắp (BRT CP4a, CP4b, CP4c, CP4d, CP4e, CP4f, CP4k) do lập không đúng quy định.