HĐXX phúc thẩm đã nhận xét về tất cả các hành vi của các bị cáo cũng như các nội dung kháng cáo và có kết luận. Theo đó nhiều nội dung tòa phúc thẩm giữ quan điểm như tòa sơ thẩm, nhưng có các nội dung khác được xem xét giảm nhẹ cho các bị cáo như Nguyễn Minh Thu, Nguyễn Văn Hoàn và các giám đốc khối.
Liên quan vai trò của nguyên phó tổng giám đốc Trần Thanh Quang. Theo HĐXX, tại tòa phúc thẩm lần này cũng như trong lời khai trước đó, các bị cáo giám đốc khối là Đỗ Đại Khôi Trang, Nguyễn Thị Thu Ba đã khai rằng thực hiện theo chỉ đạo của phó TGĐ Quang và báo cáo ông Quang về công việc.
HĐXX nhận thấy do có dấu hiệu của việc bỏ lọt tội phạm, nên HĐXX phúc thẩm yêu cầu cơ quan cảnh sát điều tra khởi tố với Trần Thanh Quang để điều tra làm rõ.