Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định 41/2018/QĐ-TTg ngày 25/9/2018 thay thế cho Quyết định số 115/2009/QĐ-TTg về việc quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng Cục thuế trực thuộc Bộ Tài chính.
Quyết định này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/11/2018.
Đáng chú ý, về số lượng lãnh đạo, theo quy định tại Quyết định 41, Tổng cục Thuế có Tổng cục trưởng và không quá 4 Phó Tổng cục trưởng. Tổng cục trưởng, Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế do Bộ trưởng Bộ Tài chính bổ nhiệm, miễn nhiệm và cách chức theo quy định của pháp luật.
Tuy nhiên, thực tế hiện Tổng cục thuế đang có tới 6 Phó Tổng cục trưởng gồm: ông Trần Văn Phu, ông Cao Anh Tuấn, ông Nguyễn Đại Trí, ông Phi Vân Tuấn, ông Đặng Ngọc Minh và ông Nguyễn Thế Mạnh.
Như vậy, số lượng Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế hiện tại đang nhiều hơn so với quy định 2 người tính đến thời điểm Quyết định 41 có hiệu lực.
Còn so với Quyết định số 115/2009/QĐ-TTg ngày 28/9/2009 do nguyên Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng ban hành, Tổng cục Thuế có Tổng cục trưởng và không quá 3 Phó Tổng cục trưởng. Như vậy với số lượng 6 Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế hiện tại đang nhiều hơn so với quy định 3 người.
Ngoài ra, theo Quyết định 41, về cơ quan Thuế ở địa phương, Cục Thuế ở các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương theo đơn vị hành chính cấp tỉnh (Cục Thuế cấp tỉnh) trực thuộc Tổng cục Thuế; Chi cục Thuế ở các quận, huyện, thị xã, thành phố; Chi cục Thuế khu vực (Chi cục Thuế cấp huyện) trực thuộc Cục Thuế cấp tỉnh.
Trong đó, Cục Thuế thành phố Hà Nội và Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh được tổ chức không quá 11 phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và không quá 10 phòng Thanh tra - Kiểm tra.
Cục Thuế có số thu từ 2.500 tỷ đồng/năm trở lên (không kể thu từ dầu thô hoặc đất) hoặc quản lý 2.000 doanh nghiệp trở lên (trừ Cục thuế thành phố Hà Nội và Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh) được tổ chức không quá 9 phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và không quá 5 phòng Thanh tra - kiểm tra…
Còn Cục Thuế có số thu dưới 2.500 tỷ đồng/năm (không kể thu từ dầu thô hoặc đất) hoặc quản lý dưới 2.000 doanh nghiệp không được tổ chức không quá 08 phòng thực hiện chức năng tham mưu, quản lý thuế và 01 phòng Thanh tra - kiểm tra…