Cụ thể, giai đoạn 2 gồm xây cầu vượt thứ 2 dài 316m trên đường vành đai 2 cho 4 làn xe, xây cầu Kỳ Hà 3 dài 75m cho 4 làn xe, xây cầu vượt rẽ trái từ Cát Lái đi cầu Phú Mỹ dài 725m cho 2 làn xe, xây cầu Kỳ Hà 4 dài 75m trên nhánh rẽ phải từ cầu Phú Mỹ về Cát Lái cho 4 làn xe.
Tổng kinh phí đầu tư nút giao thông Mỹ Thủy giai đoạn 2 là 1.150 tỷ đồng, dự kiến triển khai thi công vào đầu quí I/2019. Thời gian thực hiện dự án đến năm 2020. Theo Khu Quản lý giao thông đô thị số 2 sau khi hoàn thành hết các hạng mục của giai đoạn 2, tình trạng ùn tắc giao thông tại khu vực này sẽ giảm rõ rệt.
Hiện tại, công trình xây dựng nút giao thông Mỹ Thủy giai đoạn 1 đã hoàn thành hạng mục xây cầu Kỳ Hà 3, hầm chui rẽ trái từ đường Vành đai 2 đi Cát Lái, cầu vượt trên đường vành đai 2. Dự án đã làm góp phần giảm tình trạng kẹt xe trên nhiều trục đường ra vào cảng Cát Lái và các trục đường xung quanh cảng Cát Lái như Nguyễn Thị Định, Đồng Văn Cống, Võ Chí Công...