Cầu vượt thứ nhất là dự án cầu vượt số 3 (vượt tuyến chính quốc lộ 1) nằm cạnh cầu vượt số 2 hiện hữu của nút giao thông Đại học Quốc gia TPHCM nhằm tổ chức cho các dòng xe từ hướng tỉnh Đồng Nai đi vào Bến xe Miền Đông mới.
Dự án thứ 2 là xây cầu vượt số 4 (cũng vượt tuyến chính quốc lộ 1) gồm 3 làn xe để tổ chức cho các dòng xe từ Bến xe Miền Đông mới rẽ trái quay đầu về hướng trung tâm Tp.HCM và đi tỉnh Bình Dương.
Song song sẽ xây dựng đường chui trên phần đường song hành bên phải quốc lộ 1 (hướng TPHCM đi Đồng Nai) rộng 8m, dài 670m cho xe 2 bánh đi thẳng về hướng Đồng Nai. Dự án cũng gồm xây dựng đường chui trên phần đường song hành bên trái quốc lộ 1 rộng 8m, dài 350m cho xe 2 bánh đi thẳng về hướng TPHCM.
Việc đầu tư xây dựng 2 cầu vượt cùng các công trình phụ trợ nói trên nằm trong tổng thể quy hoạch dự án Bến xe Miền Đông mới nhưng không cùng dự án. Được biết, dự án Bến xe Miền Đông mới sẽ đi vào hoạt động trước ngày 15/8/2019 song việc đi lại của các phương tiện giao thông ra vào bến xe sẽ chưa thuận lợi, vì hiện tại tình hình giao thông thuộc khu vực chưa hoàn thiện, nhiều tuyến đường nhỏ chưa được nâng cấp, mở rộng.
Chủ đầu tư là Tổng công ty SAMCO cũng đã kiến nghị địa phương sớm nâng cấp sửa chữa đường Hoàng Hữu Nam, đường số 400, đường số 13 (thuộc quận 9) trên địa bàn quản lý.
Để bến xe hoạt động ổn định, chủ đầu tư cho biết, kế hoạch di dời các tuyến vận tải hành khách cố định từ Bến xe Miền Đông hiện hữu ra Bến xe Miền Đông mới được chia thành 2 giai đoạn.
Giai đoạn 1: di dời 29 tuyến vận tải hành khách cố định có cự ly từ 1.100 km trở lên (Quảng Trị trở ra các tỉnh phía Bắc). Giai đoạn 2 (sau một năm): di dời tiếp 85 tuyến vận tải hành khách cố định từ Thừa Thiên - Huế trở vào khu vực miền Trung, và các tỉnh Đồng Nai, Lâm Đồng, khu vực miền Tây và tuyến liên vận quốc tế.