Theo quy hoạch chi tiết, Bộ Giao thông Vận tải xác định nhóm cảng biển Đông Nam bộ có 4 cảng biển gồm cảng TP.HCM, cảng Đồng Nai, cảng Vũng Tàu và cảng Bình Dương.
Trong đó, nhóm cảng TP.HCM được xác định là cảng tổng hợp Quốc gia, đầu mối khu vực gồm khu bến trên sông Sài Gòn, khu bến Cát Lái trên sông Đồng Nai, khu bến trên sông Nhà Bè, khu bến Hiệp Phước trên sông Soài Rạp.
Bộ Giao thông Vận tải định hướng quy hoạch di dời các bến cảng trên sông Sài Gòn với 10 bến cảng. Trong đó, di dời bến cảng Tân Thuận, quận 7 thuộc cảng Sài Gòn ra khu vực Hiệp Phước ở huyện Nhà Bè để phù hợp với tiến trình xây dựng cầu Thủ Thiêm 4.
Riêng cảng Nhà Rồng-Khánh Hội, hồi cuối năm 2017 UBND TP.HCM đã yêu cầu cảng Sài Gòn bảo đảm thời gian bàn giao mặt bằng trước ngày 31/12/2018. Sau khi đi dời xong, mặt bằng sẽ được bàn giao cho Công ty TNHH Đầu tư Phát triển Đô thị Ngọc Viễn Đông thực hiện dự án dự án Khu phức hợp Nhà Rồng-Khánh Hội. Công ty TNHH Đầu tư Phát triển Đô thị Ngọc Viễn Đông là công ty con của Tập đoàn Vingroup.
Dự án Khu phức hợp Nhà Rồng-Khánh Hội là nhà cao tầng chức năng hỗn hợp gồm trung tâm thương mại dịch vụ, căn hộ với 3.116 căn, biệt thự 32 căn, trường mẫu giáo, tiểu học, trung học cơ sở, trạm y tế và cơ sở hạ tầng kỹ thuật theo phê duyệt của UBND TP.HCM về việc phê duyệt đồ án quy hoạch chi tiết tỉ lệ 1/500 của tiểu khu cảng quận 4.
Địa điểm thực hiện dự án tại khu cảng Nhà Rồng-Khánh Hội là phường 12, 13 và 18 của quận 4, TP.HCM. Với diện tích mặt đất, mặt nước sử dụng khoảng 31,5ha.
Theo Bộ Giao thông Vận tại, những bến cảng chưa di dời tiếp tục hoạt động theo hiện trạng, không cải tạo nâng cấp, mở rộng và nghiên cứu di dời sau năm 2020 hoặc chấm dứt hoạt động khi hết thời hạn. Đồng thời, xác định khu bến cảng Hiệp Phước là khu bến cảng chính của cảng biển TP.HCM trong tương lai, chủ yếu làm hàng tổng hợp, container, tiếp nhận tàu tổng hợp
Mục tiêu bố trí hợp lý các cảng biển nhằm phát huy hiệu quả tổng hợp, tạo sự phát triển cân đối, đồng bộ giữa các cảng biển và cơ sở hạ tầng. Đồng thời, phân bố hợp lý luồng hàng hóa nhằm giảm tải lưu lượng giao thông đô thị, giải tòa ùn tắc khu vực trung tâm TP.HCM.
Về định hướng ưu tiên đầu tư từ nay đến năm 2020, phát triển cảng biển nhóm 5, sẽ đẩy nhanh tiến độ đầu tư khu bến cảng Cát Lái ra đường Vành đai 2, nút giao thông Mỹ Thủy và các nút kết nối với khu bến Cát Lái.
Đầu tư đường cao tốc Biên Hòa-Vũng Tàu. Trong đó tập trung xây dựng trước đoạn Biên Hòa-Cái Mép, tăng cường khả năng kết nối khu vực cảng Cái Mép-Thị Vải.
Xây dựng tuyến đường liên cảng, các tuyến đường kết nối tới các bến cảng khu vực Cái Mép-Thị Vải. Xây dựng đường vào các bến cảng khu vực Hiệp Phước. Trong đó, đầu tư hoàn thiện tuyến đường trục Bắc-Nam vào Khu công nghiệp bến cảng Hiệp Phước.