Đề án này cũng tập trung vốn cho công tác quy hoạch, xây dựng và phát triển hệ thống Logistics, có sự kết nối với hệ thống giao thông cấp quốc gia và liên vùng, bao gồm hệ thống hạ tầng kỹ thuật hoàn chỉnh;
Đồng thời thành lập một tổ/bộ phận thuộc Văn phòng Chính phủ, do Thủ tướng trực tiếp chỉ đạo, gồm các chuyên gia chuyên trách, đại diện các Bộ, ngành và Chủ tịch UBND các tỉnh, thành trong vùng là thành viên, có nhiệm vụ tham mưu Thủ tướng chỉ đạo, điều hành cấp vùng; thành lập Quỹ Hội đồng vùng để duy trì và nâng cao hiệu quả liên kết vùng.
Bộ Giao thông vận tải cần đánh giá tổng thể về quy hoạch giao thông đối với tuyến LV1 nối khu vực cảng Hiệp Phước, huyện Nhà Bè với khu vực liên cảng Cái Mép - Thị Vải nhằm khép kín đường Vành đai 4 đi qua khu vực Rừng Sác, huyện Cần Giờ, TPHCM;
Tuyến LV8 kết nối từ thị xã Đồng Xoài với Quốc lộ 55 tại huyện Tánh Linh, tỉnh Bình Thuận đi qua khu vực rừng Quốc gia Nam Cát Tiên và Khu Bảo tồn thiên nhiên văn hóa Đồng Nai; xây dựng cầu vượt sông Gành Rái và cầu vượt sông Soài Rạp kết nối Bà Rịa - Vũng Tàu với Long An và Tiền Giang… và lấy ý kiến của Bộ ngành, địa phương liên quan do các tuyến này đi qua các khu vực bảo tồn, có địa chất, địa hình phức tạp;
Cập nhật các tuyến đường Vành đai 3, Vành đai 4 vào đề án kết nối giao thông mỗi vùng cũng như có kế hoạch đầu tư tuyến đường sắt cao tốc TPHCM - Cần Thơ trong giai đoạn 2021 - 2025 và hoàn thành trong giai đoạn 2026 - 2030.