Gói thầu tư vấn dự án metro số 1 được Ban quản lý đường sắt đô thị Tp.HCM (chủ đầu tư - MAUR) và Liên danh NJPT (đơn vị tư vấn Nhật Bản) ký kết năm 2007, trị giá gần 1.300 tỷ đồng (thời điểm đó). Trong quá trình thực hiện, hợp đồng phát sinh chi phí nên giai đoạn 2009-2017, MAUR đã thực hiện thủ tục ký kết 18 phụ lục.
Tháng 4/2017, dự án tiếp tục gặp vướng mắc phải điều chỉnh thời gian hoàn thành đến cuối năm 2021 nên phát sinh phụ lục hợp đồng số 19 với tổng giá trị hơn 1.669 tỷ đồng.
Theo tờ trình của Ban quản lý đường sắt đô thị Tp.HCM, dự án metro số 1 phát sinh chi phí tại phụ lục 19 gồm các nội dung quan trọng như tư vấn; đào tạo lái tàu, nhân viên điều độ, trưởng ga; lắp đặt hệ thống công nghệ thông tin gói thầu CP4... Trong đó tư vấn NJPT chịu trách nhiệm rà soát vật liệu, đề xuất biện pháp thi công, phê duyệt hồ sơ thanh toán. Tổng chi phí phát sinh là 1.669 tỷ đồng, được nhà thầu Liên danh tư vấn chung NJPT (Nhật Bản) tính toán dựa trên cơ sở khối lượng bổ sung, phát sinh và có sự thống nhất giữa các bên.
Sở GTVT đánh giá phần chi phí tư vấn phát sinh có giá trị rất lớn, nội dung liên quan nhiều lĩnh vực thuộc nhiệm vụ của sở, ngành. Để đảm bảo quản lý chặt chẽ chi phí này, Sở GTVT kiến nghị UBND Tp.HCM chỉ đạo MAUR căn cứ yêu cầu kỹ thuật, phạm vi công trình, đơn giá (tại thời điểm thực hiện) để lựa chọn nhà thầu, thương thảo, ký hợp đồng, nghiệm thu, thanh toán.
Tuyến metro số 1 Bến Thành - Suối Tiên có tổng mức đầu tư hơn 43.700 tỷ đồng. Toàn tuyến dài 19,7 km từ Bến Thành, quận 1 đến depot Long Bình, TP. Thủ Đức. Tuyến có 14 ga, gồm 2,6 km đi ngầm và 17,1 km đi trên cao. Tuyến có lộ trình đi qua các quận 1, 2, 9, Bình Thạnh, TP. Thủ Đức và Dĩ An (Bình Dương).
Đến nay, dự án đạt được 89% tổng khối lượng. Theo kế hoạch trước đây, tuyến metro số 1 sẽ đi vào hoàn thiện trong quý 4/2021 và khai thác thương mại năm 2022. Nhưng do nhiều yếu tố tác động, điển hình là dịch bệnh nên dự án gặp nhiều khó khăn và chưa thể đi theo đúng kế hoạch.