Giai đoạn 2006-2011 chứng kiến sự tăng trưởng mạnh mẽ của hệ thống ngân hàng Việt Nam, song cũng để lại nhiều hệ lụy và một trong đó là tình trạng gia tăng sở hữu chéo trong ngành ngân hàng. Người chủ sau cùng và thực chất nợ xấu của mỗi ngân hàng là bao nhiêu cũng đã bị các ngân hàng dùng sở hữu chéo để che mờ. Do đó, tăng cường xử lý sở hữu chéo, ngăn ngừa việc lạm dụng quyền quản trị, điều hành, quyền cổ đông lớn theo túng tổ chức tín dụng là một trong những nội dung quan trọng trong quá trình thực hiện tái cơ cấu ngành ngân hàng.
Báo cáo gửi tới Quốc hội về hoạt động thanh tra, giám sát, kiểm tra, kiểm soát nội bộ, NHNN cho biết theo báo cáo của các TCTD đến ngày 31/12/2017, sở hữu chéo trực tiếp lẫn nhau giữa TCTD và TCTD còn 01 cặp ngân hàng, giảm 01 cặp so với thời điểm cuối năm 2016. Sở hữu chéo trực tiếp lẫn nhau giữa TCTD và doanh nghiệp có tại 02 ngân hàng (2 cặp), giảm 01 cặp so với cuối năm 2016.
Ngoài ra, tính đến thời điểm 31/12/2017, có 04 NHTM nắm giữ cổ phần của hơn 2 TCTD khác; 04 TCTD có sở hữu trên 5% cổ phần của TCTD khác. NHNN cho biết vẫn đang tiếp tục tăng cường triển khai các biện pháp nhằm khắc phục tình trạng sở hữu cổ phần, sở hữu chéo.
Bên cạnh đó, trong năm 2017 và Quý I năm 2018, NHNN tiếp tục tăng cường công tác thanh tra, giám sát ngân hàng, ngăn chặn, phát hiện và xử lý kiên quyết các rủi ro, tồn tại và sai phạm của TCTD, thúc đẩy các TCTD triển khai nghiêm túc, có hiệu quả Đề án 1058 "Cơ cấu lại hệ thống các tổ chức tín dụng gắn với xử lý nợ xấu giai đoạn 2016 - 2020".
NHNN đã thực hiện 1.401 cuộc thanh tra, kiểm tra đối với các TCTD. Căn cứ kết quả các cuộc thanh tra, kiểm tra trực tiếp tại các TCTD, NHNN đã đưa ra 10.967 kiến nghị, yêu cầu TCTD khắc phục tồn tại, sai phạm; ban hành 160 quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với TCTD và doanh nghiệp, cá nhân với tổng số tiền phạt 13,33 tỷ đồng và hình thức phạt bổ sung là tịch thu 13.737 USD nộp vào Ngân sách Nhà nước.