Theo kết luận của Thanh tra Chính phủ, trong công tác quản lý đất đai, năm 2002 Khu Liên hợp thể thao quốc gia đã bàn giao 94.417,5m2 (đất công - ký hiệu P1, P2) cho công ty Khai thác điểm đỗ xe. Công ty này đã khai thác sử dụng bãi đỗ xe P1, P2 từ 2003 đến nay nhưng chưa có quyết định của cơ quan có thẩm quyền về việc giao đất cho công ty, đồng thời chưa phát sinh nghĩa vụ tài chính về đất đối với Nhà nước.
Về lĩnh vực sử dụng đất, Khu Liên hợp thể thao quốc gia đang thực hiện 05 dự án liên doanh, liên kết, hợp tác kinh doanh với tổng diện tích đất sử dụng để thực hiện các dự án là 16.835 m2. Theo quy định của pháp luật, đất Khu Liên hợp thể thao quốc gia sử dụng để thực hiện liên doanh, liên kết (từ cuối năm 2011) thuộc đối tượng phải nộp tiền thuê đất. Tuy nhiên, dự án này rất chậm trong việc nộp tiền thuê đất cho cơ quan thuế, dẫn đến tổng số tiền thuê đất còn phải nộp và số tiền chậm nộp đến hết ngày 31/12/2018 là 46.383,022 triệu đồng;
Bên cạnh đó, quá trình Khu Liên hợp thể thao quốc gia cho thuê mặt bằng các khu đất đã giải phóng mặt bằng đang chờ thực hiện dự án có một số vi phạm, sai phạm có dấu hiệu bất thường. Tổng số tiền thuê đất mà Khu Liên hợp thể thao quốc gia phải nộp ngân sách nhà nước nhưng chưa nộp (tạm tính) khoảng 658.321,552 triệu đồng. Số tiền này, theo kết luận của Thanh tra: Khu Liên hợp thể thao quốc gia không có khả năng nộp, có dấu hiệu gây thất thu ngân sách Nhà nước.
Trong việc khai thác cơ sở vật chất, tất cả các hợp đồng cho thuê tài sản Khu Liên hợp này không xác định giá khởi điểm cho thuê theo cơ chế thị trường, không thực hiện theo phương thức đấu giá, không đúng quy định tại Điều 25 Thông tư số 245/2009/TT-BTC, Điều 14 Thông tư số 23/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính, Điều 43 Nghị định số 52/2009/NĐ-CP, Điều 46 Nghị định số 151/2017/NĐ-CP của Chính phủ.
Một số hợp đồng cho thuê tài sản có nội dung sử dụng tài sản không đúng mục đích, công năng của tài sản khi đầu tư xây dựng, mua sắm, không phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao như cho đơn vị khác thuê làm nhà hàng, kho đựng vật liệu, chợ đêm..., không đúng quy định tại Điều 32 Luật Quản lý sử dụng tài sản Nhà nước và Khoản 3 Điều 12 Thông tư số 23/2016/TT-BTC a Bộ Tài chính.
Hơn nữa, kết luận Thanh tra còn chỉ rõ: Giám đốc Khu Liên hợp ký hợp đồng cho thuê với giá thấp hơn so với giá trong quy chế quản lý, sử dụng, khai thác cơ sở vật chất đã ban hành; ký 09 quyết định giảm giá đối với 09 hợp đồng cho thuê sân với lý do đề nghị giảm giá thiếu thuyết phục, không khách quan, không được thông qua Ban Giám đốc, Đảng ủy, công đoàn Khu Liên hợp, làm giảm nguồn thu 3.824,686 triệu đồng.
Lãnh đạo Khu Liên hợp còn có chủ chương cho phép, tạo điều kiện cho công đoàn cơ quan sử dụng mặt bằng khu vực sân vận động trung tâm tư kinh doanh một số dịch vụ; phòng Quản lý cung Thể thao dưới nước sử dụng mặt bằng tự tổ chức hoạt động dịch vụ, số tiền thu được là 2.876,128 triệu đồng nhưng không nộp và hạch toán vào sổ sách kế toán của Khu Liên hợp là vi phạm quy định, gây thiệt hại nguồn thu số tiền tương ứng…
Ở công tác đầu tư xây dựng cơ sở vật chất, sửa chữa, cải tạo: một số nội dung thi công được chủ đầu tư, nhà thầu thi công, tư vấn giám sát (Trung tâm Kiểm định chất lượng xây dựng - Sở Xây dựng) nghiệm thu sai khối lượng, nghiệm thu khống khối lượng, nghiệm thu không đúng với thiết kế dẫn đến giá trị quyết toán sai tăng 264,397 triệu đồng. Do đó phải giảm trừ quyết toán và thu hồi số tiền 264,397 triệu đồng.
Về việc quản lý, sử dụng nguồn lực tài chính từ tài sản công, Khu Liên hợp thể thao quốc gia thực hiện một số nội dung chi không đúng quy định, đã hạch toán các chi phí với tổng số tiền 45.561,192 triệu đồng vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp làm giảm số thuế phải nộp ngân sách nhà nước là 10.196,60 triệu đồng; không thực hiện nộp ngay 15.690,011 triệu đồng tiền thuê đất vào ngân sách nhà nước mà chuyển các khoản tiền này vào tài khoản tại ngân hàng thương mại là không đúng quy định tại Thông tư số 81/2006/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Trong tính, trích hao mòn, khấu hao tài sản công thì việc phân bổ chi phí khấu hao tài sản cố định tham gia hoạt động sản xuất kinh doanh trên phương án tính, trích khấu hao tài sản cố định dùng cho hoạt động sản xuất kinh doanh hằng năm của Khu Liên hợp thể thao quốc gia không đúng thực tế, dẫn đến tăng chi phí được trừ khi xác định thu nhập tính thuế thu nhập doanh nghiệp.
Khoản thuế này tăng thêm phải truy thu nộp ngân sách Nhà nước là 3.261,792 triệu đồng; Khu không trích quỹ phát triển hoạt động sự nghiệp số tiền 48.861,773 triệu đồng mà sử dụng để chi thu nhập tăng thêm, trích lập quỹ khen thưởng, quỹ phúc lợi, quỹ ổn định thu nhập không đúng quy định tại Điều 43 Nghị định số 52/2009/NĐ-CP, Điều 19 Nghị định số 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ…
Qua thanh tra, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo và xử lý số tiền vi phạm của Khi Liên hợp thể thao quốc gia là 776.945,962 triệu đồng. Đồng thời đề nghị lãnh đạo Bộ Văn hoá Thể thao Du lịch kiểm điểm làm rõ và xử lý trách nhiệm có liên quan đến các sai phạm, vi phạm của Khu được nêu trong kết luận thanh tra; tổ chức kiểm điểm làm rõ và xử lý trách nhiệm của tập thể, cá nhân (theo từng thời kỳ) có liên quan đến các sai phạm, vi phạm của Khu Liên hợp thể thao quốc gia.
Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho chuyển tài liệu hồ sơ, chứng cứ cho cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an và Viện Kiểm sát nhân dân tối cao để thụ lý, xem xét theo quy định của pháp luật đối với việc cho thuê mặt bằng một số khu đất và sử dụng đất thực hiện hợp đồng hợp tác đầu tư vi phạm quy định của pháp luật về đất đai, pháp luật về quản lý sử dụng tài sản nhà nước, tài sản công, có dấu hiệu gây thất thu tiền ngân sách nhà nước...
Khu Liên hợp thể thao quốc gia được UBND Thành phố Hà Nội phê duyệt điều chỉnh quy hoạch tổng thể quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/2000 theo Quyết định số 1969/QĐ-UBND ngày 04/3/2013 với diện tích đất 170,55 ha. Trong đó, đơn vị này trực tiếp quản lý và sử dụng đất đã đền bù giải phóng mặt bằng, đã đầu tư xây dựng công trình có diện tích khoảng 63,61 ha; đất đã đền bù, đang chờ thực hiện dự án khoảng 23,41 ha; đất các đơn vị khác đầu tư xây dựng công trình khai thác, sử dụng đất đã đền bù giải phóng mặt bằng với diện tích 19,52 ha; đất chưa đền bù giải phóng mặt bằng khoảng 64,01 ha.