Cụ thể, Kiểm toán Nhà nước cho biết, hầu hết đơn vị có hoạt động chuyển đổi mục đích sử dụng đất đều không tự triển khai dự án gắn với quyền sử dụng đất mà góp vốn với các đối tác bên ngoài, sau đó thoái vốn hoặc cam kết thoái vốn để chuyển giao đất cho đối tác không thông qua đấu giá.
Công tác lựa chọn nhà đầu tư hợp tác, góp vốn đều theo hình thức chỉ định, không có tiêu chí, chào giá công khai, minh bạch. Vì thế làm giảm sự cạnh tranh và tiềm ẩn rủi ro trong việc chọn nhà đầu tư không đủ năng lực, kinh nghiệm thực hiện dự án.
Điển hình nhất phải kể kể đến trường hợp Tổng công ty Lương thực miền nam (Vinafood 2) chỉ định cho Công ty CP Đầu tư và Phát triển Nguyễn Kim làm đối tác liên doanh, liên kết các dự án như: Khu đất số 132 Bến Vân Đồn (diện tích 7.886 m2), khu đất số 561 Kinh Dương Vương (diện tích 56.443 m2).
Một số đơn vị góp vốn hoặc chậm thoái vốn trong lĩnh vực bất động sản không đúng quy định như Công ty mẹ -Vinataba và Vinataba Thăng Long thuộc Vinataba; Công ty Cổ phần Bột giặt Lix, Công ty Cổ phần Cao su Sao Vàng, Công ty Cổ phần Pin ắc quy Miền Nam, Công ty Cổ phần Xà phòng Hà Nội thuộc Vinachem; Công ty mẹ - Vinafood 2 và Công ty Lương thực TP. HCM thuộc Vinafood 2.
Đáng chú ý, Vinafood 2 có 6/7 khu đất (đã có quyết định chuyển đổi mục đích sử dụng đất) không sử dụng trong 12 tháng liền kề nhưng chưa được UBND TP. HCM thu hồi đất theo quy định tại Khoản 3, Điều 1, Quyết định số 140/QĐ-TTg ngày 21/10/2008.
Cụ thể như khu đất tại số 270-277 Trần Văn Kiểu hợp khối với khu đất số 445 - 449 Gia Phú, phường 3, quận 6; số 561 Kinh Dương Vương, phường An Lạc, quận Bình Tân; số 132 Bến Vân Đồn, phường 6, quận 4; số 400 Nguyễn Duy, phường 9, quận 8; số 1610 Võ Văn Kiệt (số cũ 406 Trần Văn Kiểu), phường 7, quận 6; số 1458 Hoài Thanh, phường 14, quận 8, TP. HCM.
Cũng theo báo cáo của Kiểm toán nhà nước, việc xác định giá trị lợi thế quyền thuê đất theo phương thức tự thực hiện dựa trên đàm phán, thỏa thuận giữa các bên, một số trường hợp có thuê các đơn vị tư vấn thẩm định giá nhưng chưa có đầy đủ cơ sở về tính hợp lý của định giá nên dễ dẫn đến thất thoát tài sản nhà nước.
Trường hợp chuyển đổi mục đích sử dụng dụng đất để thực hiện các dự án đầu tư như Vinafood 2 là một ví dụ về sai phạm. Một số đơn vị hợp tác, liên doanh, góp vốn thành lập pháp nhân mới, sau đó chuyển mục đích sử dụng đất cho các đối tượng không thuộc doanh nghiệp nhà nước và không thuộc đối tượng phải di dời do ô nhiễm môi trường nhưng không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất theo quy định của pháp luật về đất đai.
Một tồn tại khác nữa là tình trạng chuyển đổi Chủ đầu tư dự án cho Nhà đầu tư khác đối với các cơ sở nhà, đất do Trung ương quản lý khi chưa được Bộ Tài chính, Thủ tướng Chính phủ chấp thuận là vi phạm pháp luật.